circRNA故名思意，就是环状RNA的意思。是继miRNA，lncRNA之后的又一个后起之秀，备受关注。前面小编给大家介绍过
我在分析circRNA转录数据的时候经常会遇到一个很头疼的问题，就是circRNA的ID比较混乱，各个数据库中的ID无法对应。目前GEO里面的circRNA表达谱数据，绝大多数用的是Arraystar Human CircRNA microarray。大家都知道一般芯片数据都有自己的内部ID，而这个ID号如果没有详细的注释文件是没办法跟其他外部数据库中的ID进行对应的。
下面展示的是2015年推出的Agilent-069978 Arraystar Human CircRNA microarray V1的探针注释文件。虽然有hsa_circRNA_000006这种ID，但是这也是这款芯片所特有的内部ID。
比较常用的circRNA的ID号是来自circBase（http://circbase.org/）这个数据库中的ID号。下图展示的就是☞ENCORI预测miRNA-circRNA调控关系得到的预测结果。这里的ID号可以直接链接到circBase。很多预测miRNA-circRNA调控关系的数据库，都使用的是hsa_circ_0001946这格式的ID号。
2016年推出的Arraystar Human CircRNA microarray V2中依然只有hsa_circRNA_082501这种内部ID号。
今天小编就给大家分享一个资源和一段用于circRNA ID转换的代码。其实ID转换最核心的就是一个不同ID之间的映射关系。类似于下面这个文件。这个文件中包含了上面提到的两款circRNA芯片中的内部circRNA ID，circBase中ID以及探针ID。
有了这个文件之后，ID转换实际上就比较简单了，用Excel的Vlookup都能做。我们给大家演示一下如果用这个映射文件来出来GEO中的circRNA表达谱数据，将内部circRNA ID号转换成常用的circBase ID号。
我们用GSE101684这套数据为例，原始的表达矩阵如下
ID转换完之后的矩阵如下，可以看到行名的ID号直接从探针ID转成了circBase ID。
完整ID映射文件+ID转换R代码☟☟☟
我的目标是转换表单输入，例如“100兆字节”或“1GB”，并将其转换为我可以存储在数据库中的文件大小(以千字节为单位)。目前，我有这个:defquota_convert@regex=/([0-9]+)(.*)s/@sizes=%w{kilobytemegabytegigabyte}m=self.quota.match(@regex)if@sizes.include?m[2]eval("self.quota=#{m[1]}.#{m[2]}")endend这有效，但前提是输入是倍数(“gigabytes”，而不是“gigabyte”)并且由于使用了eval看起来疯狂不安全。所以，功能正常，
我想将html转换为纯文本。不过，我不想只删除标签，我想智能地保留尽可能多的格式。为插入换行符标签，检测段落并格式化它们等。输入非常简单，通常是格式良好的html(不是整个文档，只是一堆内容，通常没有anchor或图像)。我可以将几个正则表达式放在一起，让我达到80%，但我认为可能有一些现有的解决方案更智能。 最佳答案 首先，不要尝试为此使用正则表达式。很有可能你会想出一个脆弱/脆弱的解决方案，它会随着HTML的变化而崩溃，或者很难管理和维护。您可以使用Nokogiri快速解析HTML并提取文本:require'nokogiri'h
我需要读入一个包含数字列表的文件。此代码读取文件并将其放入二维数组中。现在我需要获取数组中所有数字的平均值，但我需要将数组的内容更改为int。有什么想法可以将to_i方法放在哪里吗？ClassTerraindefinitializefile_name@input=IO.readlines(file_name)#readinfile@size=@input[0].to_i@land=[@size]x=1whilex 最佳答案 只需将数组映射为整数:@land边注如果你想得到一条线的平均值，你可以这样做:values=@input[x]
这道题是thisquestion的逆题.给定一个散列，每个键都有一个数组，例如{[:a,:b,:c]=>1,[:a,:b,:d]=>2,[:a,:e]=>3,[:f]=>4,}将其转换为嵌套哈希的最佳方法是什么{:a=>{:b=>{:c=>1,:d=>2},:e=>3,},:f=>4,} 最佳答案 这是一个迭代的解决方案，递归的解决方案留给读者作为练习:defconvert(h={})ret={}h.eachdo|k,v|node=retk[0..-2].each{|x|node[x]||={};node=node[x]}node[
我正在使用Rails构建一个简单的聊天应用程序。当用户输入url时，我希望将其输出为html链接(即“url”)。我想知道在Ruby中是否有任何库或众所周知的方法可以做到这一点。如果没有，我有一些不错的正则表达式示例代码可以使用... 最佳答案 查看auto_linkRails提供的辅助方法。这会将所有URL和电子邮件地址变成可点击的链接(htmlanchor标记)。这是文档中的代码示例。auto_link("Gotohttp://www.rubyonrails.organdsayhellotodavid@loudthinking.
我收到格式为的回复#我需要将其转换为哈希值(针对活跃商家)。目前我正在遍历变量并执行此操作:response.instance_variables.eachdo|r|my_hash.merge!(r.to_s.delete("@").intern=>response.instance_eval(r.to_s.delete("@")))end这有效，它将生成{:first="charlie",:last=>"kelly"},但它似乎有点hacky和不稳定。有更好的方法吗？编辑:我刚刚意识到我可以使用instance_variable_get作为该等式的第二部分，但这仍然是主要问题。
2022/8/4更新支持加入水印水印必须包含透明图像，并且水印图像大小要等于原图像的大小pythonconvert_image_to_video.py-f30-mwatermark.pngim_dirout.mkv2022/6/21更新让命令行参数更加易用新的命令行使用方法pythonconvert_image_to_video.py-f30im_dirout.mkvFFMPEG命令行转换一组JPG图像到视频时，是将这组图像视为MJPG流。我需要转换一组PNG图像到视频，FFMPEG就不认了。pyav内置了ffmpeg库，不需要系统带有ffmpeg工具因此我使用ffmpeg的python包装p
我需要一个通过输入字符串进行计算的方法，像这样function="(a/b)*100"a=25b=50function.something>>50有什么方法吗？ 最佳答案 您可以使用instance_eval:function="(a/b)*100"a=25.0b=50instance_evalfunction#=>50.0请注意，使用eval本质上是不安全的，尤其是当您使用外部输入时，因为它可能包含注入(inject)的恶意代码。另请注意，a设置为25.0而不是25，因为如果它是整数a/b将导致0(整数)。
我是ruby的新手，我正在尝试制作一个程序来自动格式化给定的字符串和数组。我试图弄清楚的一种自动格式化功能是一种用于数组的功能。假设我有一个如下例所示的数组myArray=["a","b","c"]我想把它变成一个列化的字符串，这样putsmyString就会给出`1)a``2)b``3)c`我该怎么做呢？我能找到的最接近的东西是使用.each这不是我想要的，我不能让每一行都有一个单独的条目。这一切都必须是一个带有换行符的字符串。任何帮助将不胜感激，提前致谢 最佳答案 您可以使用.map与.with_index:myArray=
我需要根据字符串路径的长度将字符串路径数组转换为符号、哈希和数组的数组给定以下数组:array=["info","services","about/company","about/history/part1","about/history/part2"]我想生成以下输出，对不同级别进行分组，根据级别的结构混合使用符号和对象。产生以下输出:[:info,:services,about:[:company,history:[:part1,:part2]]]#altsyntax[:info,:services,{:about=>[:company,{:history=>[:part1,:pa
