Rprofile 文件位于R安装目录下的library/base/R/Rprofile，没错，是在base包下面。

相当于配置文件的功能，打开之后可以看到预设了很多东西，比如：

.GlobalEnv <- globalenv()
T <- TRUE
F <- FALSE
options(scipen = 0）
options(stringsAsFactors = TRUE)

此外，有两个特殊的函数：.First 和.Last，顾名思义，分别是在R终端启动和结束时运行，默认貌似是没有的（让我想到了构造析构？？）。

因此，用户可以在此文件自定个人偏好、常用函数、预设变量以及一些有趣的东西，接下来展示一些我添加的一些内容。

interactive

展示之前先解释一下interative函数的功能，它可以判断当前R是否处于交互环境，有些功能我们可能只在R交互运行时才会用到，比如欢迎结束语、某些包等等，这时候就可以使用这个函数来判断以决定是否导入这些额外的功能。

这样做在速度和逻辑性上都会有所提升。

启动/结束语

自定义.First 和.Last函数可以实现这个功能：

.First <- function(){

    # wellcome
    if(interactive())
        cat(paste0("Hi ", Sys.info()[["user"]], ", wellcome to R!\n"))
}

以及：

.Last <- function(){
    if(interactive())
        cat("See you next time!\n")
}

自动加载包

这个功能看起来不错，其实当你进入R时运行search()时，你会发现已经有包已经被加载进来了：

> search()
[1] ".GlobalEnv"        "package:stats"     "package:graphics"
[4] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets"
[7] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

其实是Rprofile这个文件实现的功能：

local({dp <- Sys.getenv("R_DEFAULT_PACKAGES")
       if(identical(dp, "")) ## it fact methods is done first
           dp <- c("datasets", "utils", "grDevices", "graphics",
                   "stats", "methods")
       else if(identical(dp, "NULL")) dp <- character(0)
       else dp <- strsplit(dp, ",")[[1]]
       dp <- sub("[[:blank:]]*([[:alnum:]]+)", "\\1", dp) # strip whitespace
       options(defaultPackages = dp)
    })


.First.sys <- function()
{
    for(pkg in getOption("defaultPackages")) {
        res <- require(pkg, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE,
                       character.only = TRUE)
        if(!res)
            warning(gettextf('package %s in options("defaultPackages") was not found', sQuote(pkg)),
                    call. = FALSE, domain = NA)
    }
}

可以看出自动加载了"datasets", "utils", "grDevices", "graphics", "stats", "methods"这些包，因此我们往里面加入其他的包名，这样就可以在R启动时自动自动加载了。

但是建议最好不要在原始内容上修改，而是单独写在.First函数里，比如我们想自动加载ggplot2这个包，可以这样做：

.First <- function(){

    suppressPackageStartupMessages(require("ggplot2", quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE, character.only = TRUE))
}

另外，有的包只需要在交互使用时才需要载入，比如用于彩色话屏幕输出的colorout包，这时也需要用到interactive函数：

if(interactive())
    if(Sys.getenv("TERM") == "xterm-256color")
        library("colorout")

colorout安装：

git clone https://github.com/jalvesaq/colorout.git
R CMD INSTALL colorout

但是需要权衡是否真正需要自动载入某些包，因为这意味着启动R需要消耗更多的时间。

自定义函数

自动source自己编写的函数：

source("my_functions.R")

设置镜像

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

其他设置

options(stringsAsFactors = FALSE) # 不自动将string转换为Factor
# options(scipen = 999, digits = 6) # 不用科学计数法显示，保留6位有效数字，这个还是使用默认的吧，有时候还是挺有用的
options(max.print = 99) # 限制最大打印行数，打印99999那么多行干嘛哟！
options("width" = 100) # 设置每行最大显示字符个数，当你屏幕比较大时或许有用
options(continue = " ") # 换行输入时以空格开头，默认是+，当你选择粘贴时非常有用
options(warn = 2, error = recover) # 据说提醒和报错方式更友好，遇到了再看效果把，默认: options(warn=0, error=NULL)

See more: ?options or The options mechanism in R.

汇总

最后把这些代码整合一起，并放到Rprofile文件内容的最后以覆盖前面的预设：

########## my set
.First <- function(){
    cat(R.version.string, "\n") # 打印R版本
    loadp <- function(...){
        pkgs = as.character(substitute(list(...)))[-1]
        suppressMessages(for(pkg in pkgs) require(pkg, character.only = TRUE))
    }
    loadp(colorout) # 可续写

    if(interactive()){

        cat(paste0("Hi ", Sys.info()[["user"]], ", wellcome to R!\n"))
        if(Sys.getenv("TERM") == "xterm-256color")
          library("colorout")
    }

    options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
    options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
    options(stringsAsFactors = FALSE) # 不自动将string转换为Factor
    # options(scipen = 999, digits = 6) # 不用科学计数法显示，保留6位有效数字，这个还是使用默认的吧，有时候还是挺有用的
    options(max.print = 999) # 限制最大打印行数/项，打印99999那么多行干嘛哟！
    # options("width" = 100) # 设置每行最大显示字符个数，当你屏幕比较大时或许有用
    options(continue = " ") # 换行输入时以空格开头，默认是+，当你选择粘贴时非常有用
    # options(warn = 2) # 据说提醒方式更友好，遇到了再看效果把，默认: options(warn=0, error=NULL)。更：千万别这样设，不痛不痒的warning 也会转成 error，wdnmd

    # source and library
    source("~/.yyds")
    library("yyds")
}

.Last <- function(){
    if(interactive())
        cat("See you next time!\n")
}
##########

上面有个loadp函数也赠送给大家，可以同时载入多个包，包名可以不加引号，功能类似某包的一个函数：

loadp(ggplot2, reshape2, GenomicRanges)

如果以后还有更多有趣的东西再补充~