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conda下载及安装

生信开荒牛 2023-09-28 原文

以前做生物信息都需要去各种各样的生物软件官网进行软件下载，不过现在有一个conda就够了。它就像是我们windows系统里的360软件中心，大部分软件都可以通过它来进行下载和安装，下面就介绍一下conda的下载及安装。

一、下载

linux版本下载

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers

1.png

打开终端输入

wget  https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.12.0-Linux-x86_64.sh
2.png

这样很快就下载好了

二、安装

sh Miniconda3-py38_4.12.0-Linux-x86_64.sh
3.png

一直点ENTER键，到这里时输入yes


4.png

接下来是确认安装位置，点ENTER就可以了


5.png

最后一步输入yes
6.png

安装完成
7.png

检查是否安装成功

运行conda 命令检验安装是否成功

8.png

激活conda

进入miniconda3的bin目录下面，看到有一个activate


9.png

运行

source ./activate

这时候我们的用户名前面就会出现(base)，激活成功。


10.png

三、配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

查看已经添加的channels

conda config --get channels
11.png

四、创建环境

我们做一个项目时可以创建一个新环境，把所有的软件都装在这个环境下，因为有的软件它是python2版本，而有的是python3版本，所以需要把它们分开，这时创建一个python2或python3的环境就很有必要了。

conda create -n rna python=2

这里需要注意一下，如果没有重启电脑的话，这步经常会报错：CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url

出现这个错误不要慌，只需重启下电脑再运行一下conda create -n rna python=2就OK了。

查看环境

conda env list

进入环境

conda activate rna
12.png

这时候我们的用户名前面就会出现(rna)

五、conda安装软件

conda install -y sra-tools                 ##下载公共数据库测序数据
conda install -y fastqc cutadapt trim-galore fastp       ##对测序文件质控
conda install -y bwa star                  ##两个常用的比对软件
conda install -y samtools
conda install -y bcftools
conda install -y vcftools snpEff
conda install -y multiqc qualimap featureCounts

每装一个软件都可以使用--help来查看它是否安装成功，如果弹出帮助信息说明安装成功。

conda下载sectionimagesupload

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