草庐IT

python - Phylo BioPython 构建树

coder 2023-08-27 原文

我正在尝试使用 BioPython、Phylo 模块构建一棵树。
到目前为止我所做的是这张图片:

每个名称都有一个四位数字，后跟 - 和一个数字:这个数字指的是该序列出现的次数。这意味着 1578 - 22，该节点应表示 22 个序列。

序列对齐的文件:file
构建树的距离文件:file

所以现在我知道如何更改节点的每个大小。每个节点都有不同的大小，这很容易做一个不同值的数组:

    fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")    
    list_size = {}
    for line in fh:
        if '>' in line:
            labels = line.split('>')
            label = labels[-1]
            label = label.split()
            num = line.split('-')
            size = num[-1]
            size = size.split()
            for lab in label:
                for number in size:
                    list_size[lab] = int(number)

    a = array(list_size.values())

但数组是任意的，我想将正确的节点大小放入正确的节点中，我试过这个:

         for elem in list_size.keys():
             if labels == elem:
                 Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)

但是当我使用 if 语句时什么也没有出现。

无论如何都要这样做？

非常感谢!

谢谢大家

最佳答案

我终于搞定了。基本前提是您将使用 labels/nodelist 构建您的 node_sizes。这样它们就可以正确关联。我确定我遗漏了一些使树看起来 100% 的重要选项，但节点大小显示正确。

#basically a stripped down rewrite of Phylo.draw_graphviz
import networkx, pylab
from Bio import Phylo


#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection): 
    for node in G.nodes(): 
        if (selection is None) or (node in selection): 
            try: 
                label = str(node) 
                if label not in (None, node.__class__.__name__): 
                    yield (node, label) 
            except (LookupError, AttributeError, ValueError): 
                pass


kwargs={}
tree = Phylo.read('tree.dnd', 'newick')
G = Phylo.to_networkx(tree)
Gi = networkx.convert_node_labels_to_integers(G, discard_old_labels=False)

node_sizes = []
labels = dict(get_label_mapping(G, None))
kwargs['nodelist'] = labels.keys()

#create our node sizes based on our labels because the labels are used for the node_list
#this way they should be correct
for label in labels.keys():
    if str(label) != "Clade":
        num = label.name.split('-')
        #the times 50 is just a guess on what would look best
        size = int(num[-1]) * 50
        node_sizes.append(size)

kwargs['node_size'] = node_sizes
posi = networkx.pygraphviz_layout(Gi, 'neato', args='') 
posn = dict((n, posi[Gi.node_labels[n]]) for n in G) 

networkx.draw(G, posn, labels=labels, node_color='#c0deff', **kwargs)

pylab.show()

结果树

关于python - Phylo BioPython 构建树，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/4051414/

建树BioPythonlabelsnodesizepythonnumpygraphviz

有关python - Phylo BioPython 构建树的更多相关文章

  1. python - 如何使用 Ruby 或 Python 创建一系列高音调和低音调的蜂鸣声？ - 2

    关闭。这个问题是opinion-based.它目前不接受答案。想要改进这个问题？更新问题，以便editingthispost可以用事实和引用来回答它.关闭4年前。Improvethisquestion我想在固定时间创建一系列低音和高音调的哔哔声。例如:在150毫秒时发出高音调的蜂鸣声在151毫秒时发出低音调的蜂鸣声200毫秒时发出低音调的蜂鸣声250毫秒的高音调蜂鸣声有没有办法在Ruby或Python中做到这一点？我真的不在乎输出编码是什么(.wav、.mp3、.ogg等等)，但我确实想创建一个输出文件。

  2. Python 相当于 Perl/Ruby ||= - 2

    这个问题在这里已经有了答案:关闭10年前。PossibleDuplicate:Pythonconditionalassignmentoperator对于这样一个简单的问题表示歉意，但是谷歌搜索||=并不是很有帮助；)Python中是否有与Ruby和Perl中的||=语句等效的语句？例如:foo="hey"foo||="what"#assignfooifit'sundefined#fooisstill"hey"bar||="yeah"#baris"yeah"另外，类似这样的东西的通用术语是什么？条件分配是我的第一个猜测，但Wikipediapage跟我想的不太一样。

  3. java - 什么相当于 ruby​​ 的 rack 或 python 的 Java wsgi？ - 2

    什么是ruby​​的rack或python的Java的wsgi？还有一个路由库。 最佳答案 来自Python标准PEP333:Bycontrast,althoughJavahasjustasmanywebapplicationframeworksavailable,Java's"servlet"APImakesitpossibleforapplicationswrittenwithanyJavawebapplicationframeworktoruninanywebserverthatsupportstheservletAPI.ht

  4. 华为OD机试用Python实现 -【明明的随机数】 2023Q1A - 2

    华为OD机试题本篇题目：明明的随机数题目输入描述输出描述：示例1输入输出说明代码编写思路最近更新的博客华为od2023|什么是华为od，od薪资待遇，od机试题清单华为OD机试真题大全，用Python解华为机试题|机试宝典【华为OD机试】全流程解析+经验分享,题型分享,防作弊指南华为o

  5. python - 如何读取 MIDI 文件、更改其乐器并将其写回？ - 2

    我想解析一个已经存在的.mid文件，改变它的乐器，例如从“acousticgrandpiano”到“violin”，然后将它保存回去或作为另一个.mid文件。根据我在文档中看到的内容，该乐器通过program_change或patch_change指令进行了更改，但我找不到任何在已经存在的MIDI文件中执行此操作的库.他们似乎都只支持从头开始创建的MIDI文件。 最佳答案 MIDIpackage会为您完成此操作，但具体方法取决于midi文件的原始内容。一个MIDI文件由一个或多个音轨组成，每个音轨是十六个channel中任何一个上的

  6. 「Python｜Selenium｜场景案例」如何定位iframe中的元素？ - 2

    本文主要介绍在使用Selenium进行自动化测试或者任务时，对于使用了iframe的页面，如何定位iframe中的元素文章目录场景描述解决方案具体代码场景描述当我们在使用Selenium进行自动化测试的时候，可能会遇到一些界面或者窗体是使用HTML的iframe标签进行承载的。对于iframe中的标签，如果直接查找是无法找到的，会抛出没有找到元素的异常。比如近在咫尺的例子就是，CSDN的登录窗体就是使用的iframe，大家可以尝试通过F12开发者模式查看到的tag_name,class_name,id或者xpath来定位中的页面元素，会抛出NoSuchElementException异常。解决

  7. python ffmpeg 使用 pyav 转换 一组图像 到 视频 - 2

    2022/8/4更新支持加入水印水印必须包含透明图像，并且水印图像大小要等于原图像的大小pythonconvert_image_to_video.py-f30-mwatermark.pngim_dirout.mkv2022/6/21更新让命令行参数更加易用新的命令行使用方法pythonconvert_image_to_video.py-f30im_dirout.mkvFFMPEG命令行转换一组JPG图像到视频时，是将这组图像视为MJPG流。我需要转换一组PNG图像到视频，FFMPEG就不认了。pyav内置了ffmpeg库，不需要系统带有ffmpeg工具因此我使用ffmpeg的python包装p

  8. Python 刷Leetcode题库，顺带学英语单词（31） - 2

    ValidPalindromeGivenastring,determineifitisapalindrome,consideringonlyalphanumericcharactersandignoringcases. [#125]Example:"Aman,aplan,acanal:Panama"isapalindrome."raceacar"isnotapalindrome.Haveyouconsiderthatthestringmightbeempty?Thisisagoodquestiontoaskduringaninterview.Forthepurposeofthisproblem

  9. python - 是否可以使用 Ruby 或 Python 禁用 anchor /引用来发出有效的 YAML？ - 2

    是否可以在PyYAML或Ruby的Psych引擎中禁用创建anchor和引用(并有效地显式列出冗余数据)？也许我在网上搜索时遗漏了一些东西，但在Psych中似乎没有太多可用的选项，而且我也无法确定PyYAML是否允许这样做.基本原理是我必须序列化一些数据并将其以可读的形式传递给一个不是真正的技术同事进行手动验证。有些数据是多余的，但我需要以最明确的方式列出它们以提高可读性(anchor和引用是提高效率的好概念，但不是人类可读性)。Ruby和Python是我选择的工具，但如果有其他一些相当简单的方法来“展开”YAML文档，它可能就可以了。 最佳答案

  10. .net - .NET 将如何影响 Python 和 Ruby 应用程序？ - 2

    我很好奇.NET将如何影响Python和Ruby应用程序。用IronPython/IronRuby编写的应用程序是否会非常特定于.NET环境，以至于它们实际上将变得特定于平台？如果他们不使用任何.NET功能，那么IronPython/IronRuby相对于非.NET同类产品的优势是什么？ 最佳答案 我不能说任何关于IronRuby的东西，但是大多数Python实现(如IronPython、Jython和PyPy)都试图尽可能忠实于CPython实现。不过，IronPython正在迅速成为这方面的佼佼者之一，并且在PlanetPyth

随机推荐