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xml - R:将 XML 数据转换为数据框

coder 2024-06-23 原文

对于一项家庭作业，我正在尝试将 XML 文件转换为 R 中的数据框。我尝试了很多不同的方法，并且在互联网上搜索了一些想法，但都没有成功。到目前为止，这是我的代码:

library(XML)
url <- 'http://www.ggobi.org/book/data/olive.xml'
doc <- xmlParse(myUrl)
root <- xmlRoot(doc)

dataFrame <- xmlSApply(xmltop, function(x) xmlSApply(x, xmlValue))
data.frame(t(dataFrame),row.names=NULL)

我得到的输出就像一个巨大的数字向量。我正在尝试将数据组织到一个数据框中，但我不知道如何正确调整我的代码来获得它。

最佳答案

它可能不像 XML 包那样冗长，但 xml2 没有内存泄漏并且专注于数据萃取。我使用 trimws，它是 真正最近添加到 R 核心的。

library(xml2)

pg <- read_xml("http://www.ggobi.org/book/data/olive.xml")

# get all the <record>s
recs <- xml_find_all(pg, "//record")

# extract and clean all the columns
vals <- trimws(xml_text(recs))

# extract and clean (if needed) the area names
labs <- trimws(xml_attr(recs, "label"))

# mine the column names from the two variable descriptions
# this XPath construct lets us grab either the <categ…> or <real…> tags
# and then grabs the 'name' attribute of them
cols <- xml_attr(xml_find_all(pg, "//data/variables/*[self::categoricalvariable or
                                                      self::realvariable]"), "name")

# this converts each set of <record> columns to a data frame
# after first converting each row to numeric and assigning
# names to each column (making it easier to do the matrix to data frame conv)
dat <- do.call(rbind, lapply(strsplit(vals, "\ +"),
                                 function(x) {
                                   data.frame(rbind(setNames(as.numeric(x),cols)))
                                 }))

# then assign the area name column to the data frame
dat$area_name <- labs

head(dat)
##   region area palmitic palmitoleic stearic oleic linoleic linolenic
## 1      1    1     1075          75     226  7823      672        NA
## 2      1    1     1088          73     224  7709      781        31
## 3      1    1      911          54     246  8113      549        31
## 4      1    1      966          57     240  7952      619        50
## 5      1    1     1051          67     259  7771      672        50
## 6      1    1      911          49     268  7924      678        51
##   arachidic eicosenoic    area_name
## 1        60         29 North-Apulia
## 2        61         29 North-Apulia
## 3        63         29 North-Apulia
## 4        78         35 North-Apulia
## 5        80         46 North-Apulia
## 6        70         44 North-Apulia

更新

我现在 prbly 以这种方式做最后一点:

library(tidyverse)

strsplit(vals, "[[:space:]]+") %>% 
  map_df(~as_data_frame(as.list(setNames(., cols)))) %>% 
  mutate(area_name=labs)

关于xml - R:将 XML 数据转换为数据框，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/33446888/

为数xmlcodesectionNorth-Apuliardataframe

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