这是一个可以自动合并数据的简易脚本
有一批数据有三十几个样本,测序公司返回数据时由于数据量不达标,需要加测一次,部分样本数据量还是不够, 又加测一次才够,总共三次数据,需要根据样本名称合并成一个fq.gz。这么多数据要一个一个对应太麻烦了.
那么如果经常发生这种情况,建议换一家测序公司。
通常是根据lane号区分的,比如:
再有就是两批数据完全相同的名称:
这两种都支持!
只需要放入需要合并的数据的所有路径,有多少批数据路径就放多少批数据路径:
python3 DataMerge.py /path/to/data1 /path/to/data2 /path/to/data3
SE的数据没有验证过,
python3 DataMerge.py ../20220331_HG5GLDSX3_Result/Rawdata ../20220404_HFVV3DSX3_Result/Rawdata
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我正在寻找执行以下操作的正确语法(在Perl、Shell或Ruby中):#variabletoaccessthedatalinesappendedasafileEND_OF_SCRIPT_MARKERrawdatastartshereanditcontinues. 最佳答案 Perl用__DATA__做这个:#!/usr/bin/perlusestrict;usewarnings;while(){print;}__DATA__Texttoprintgoeshere 关于ruby-如何将脚
我主要使用Ruby来执行此操作,但到目前为止我的攻击计划如下:使用gemsrdf、rdf-rdfa和rdf-microdata或mida来解析给定任何URI的数据。我认为最好映射到像schema.org这样的统一模式,例如使用这个yaml文件,它试图描述数据词汇表和opengraph到schema.org之间的转换:#SchemaXtoschema.orgconversion#data-vocabularyDV:name:namestreet-address:streetAddressregion:addressRegionlocality:addressLocalityphoto:i
我有一个在Linux服务器上运行的ruby脚本。它不使用rails或任何东西。它基本上是一个命令行ruby脚本,可以像这样传递参数:./ruby_script.rbarg1arg2如何将参数抽象到配置文件(例如yaml文件或其他文件)中?您能否举例说明如何做到这一点?提前谢谢你。 最佳答案 首先,您可以运行一个写入YAML配置文件的独立脚本:require"yaml"File.write("path_to_yaml_file",[arg1,arg2].to_yaml)然后,在您的应用中阅读它:require"yaml"arg
我有一个这样的哈希数组:[{:foo=>2,:date=>Sat,01Sep2014},{:foo2=>2,:date=>Sat,02Sep2014},{:foo3=>3,:date=>Sat,01Sep2014},{:foo4=>4,:date=>Sat,03Sep2014},{:foo5=>5,:date=>Sat,02Sep2014}]如果:date相同,我想合并哈希值。我对上面数组的期望是:[{:foo=>2,:foo3=>3,:date=>Sat,01Sep2014},{:foo2=>2,:foo5=>5:date=>Sat,02Sep2014},{:foo4=>4,:dat
有时我需要处理键/值数据。我不喜欢使用数组,因为它们在大小上没有限制(很容易不小心添加超过2个项目,而且您最终需要稍后验证大小)。此外,0和1的索引变成了魔数(MagicNumber),并且在传达含义方面做得很差(“当我说0时,我的意思是head...”)。散列也不合适,因为可能会不小心添加额外的条目。我写了下面的类来解决这个问题:classPairattr_accessor:head,:taildefinitialize(h,t)@head,@tail=h,tendend它工作得很好并且解决了问题,但我很想知道:Ruby标准库是否已经带有这样一个类? 最佳
我正在尝试使用Curbgem执行以下POST以解析云curl-XPOST\-H"X-Parse-Application-Id:PARSE_APP_ID"\-H"X-Parse-REST-API-Key:PARSE_API_KEY"\-H"Content-Type:image/jpeg"\--data-binary'@myPicture.jpg'\https://api.parse.com/1/files/pic.jpg用这个:curl=Curl::Easy.new("https://api.parse.com/1/files/lion.jpg")curl.multipart_form_
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我正在尝试在Rails上安装ruby,到目前为止一切都已安装,但是当我尝试使用rakedb:create创建数据库时,我收到一个奇怪的错误:dyld:lazysymbolbindingfailed:Symbolnotfound:_mysql_get_client_infoReferencedfrom:/Library/Ruby/Gems/1.8/gems/mysql2-0.3.11/lib/mysql2/mysql2.bundleExpectedin:flatnamespacedyld:Symbolnotfound:_mysql_get_client_infoReferencedf