草庐IT

【必备技能】基因注释方法合集

研平方 2023-03-28 原文

前几天拿到了一个数据，需要做基因注释，是从转录本ID（ENST xxxxxxxxxx）转为基因ID。


数据概况
> head(PTC_true_072822$isoform_id,10)
 [1] "ENST00000167218.9"  "ENST00000167825.5"  "ENST00000207636.9"  "ENST00000210227.4"  "ENST00000215376.7" 
 [6] "ENST00000215587.11" "ENST00000216019.11" "ENST00000216658.9"  "ENST00000221818.5"  "ENST00000223084.7"

1. 常用基因ID编号都有哪些？

Symbol ID

为我们常在文献中看到的基因名称。如TP53基因的Symbol ID为TP53。

Entrez ID

由美国NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号，通常为纯数字，如TP53基因的Entrez ID为：7157。

Ensemble ID

由欧洲生物信息数据库提供，一般以ENSG开头，后边跟11位数字。如TP53基因：ENSG00000141510。这个数据库对于基因的注释十分的详细且权威，所以也就形成了很多个基因不同情况下的ID了。关于Ensembl ID，不管是什么类型的，其ID号的前三个开头都是以ENS开头的。剩下的可以再看第四位。

  • G代表是Gene。是这个基因的的唯一编码，类似于Gene数据库里面的数字。
  • T代表Transcript，即ENST开头的为转录本ID（Transcript ID）。是数据库对于不同转录本的ID号。这个类似于上面gene数据库当中的NM编号开头的ID。同一个基因由于选择性剪切，可以存在多个转录本，所以一个基因ID可能对应几个不同的Transcript ID。
  • P代表protein。是数据库对于不同蛋白的ID号。这个类似于上面gene数据库的NP编号开头的ID。

Refseq ID

NCBI提供的参考序列数据库：可以是NG、NM、NP开头，代表基因，转录本和蛋白质。如TP53基因的某个转录本信息可为NM_000546。

2. 基因注释方法合集

2.1 Y叔叔的clusterProfiler包中bitr()函数注释

这个方法之前小编在做基因芯片分析、GO、KEGG、GSEA时最为常用（似乎由Symbol ID转为其他类型ID时比较常用）。所以，想着想着这不信手拈来、分分钟钟搞定的事情，没想到猝不及防的翻车。

PTC_true_072822 <- read_excel("PTC true 072822.xlsx")
PTC_true_072822$ENST_id <- map_chr(str_split(PTC_true_072822$isoform_id, "[.]"), 1)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
keytypes(org.Hs.eg.db) #查看注释包中的可以进行ID转换的项目
gene_annote <- bitr(PTC_true_072822$ENST_id, #一个含有gene_name的矢量
                    fromType = "ENSEMBLTRANS", #fromType是指你的数据ID的类型
                    toType = c("ENTREZID", "SYMBOL","ENSEMBL"), #需要转换成的gene_name的类型，可以是多种类型，用大写character类型向量表示 #toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种，也可以只写一种
                    OrgDb = org.Hs.eg.db) #Orgdb是指对应的注释包是哪个，人类的注释包是 org.Hs.eg.db
翻车现场

clusterProfiler包注释结果发现：用92.26% 的转录本ID都没有找到对应的SYMBOL，小编推测：这可能是org.Hs.eg.db更新不及时导致的。所以小编尝试其他方法进行注释。

2.2 biomaRt

library(biomaRt)
listMarts()
# 用useMart函数链接到人类的数据库
mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl")
listFilters(mart)
attributes <- listAttributes(mart)
head(attributes,20)
View(attributes)

values <- PTC_true_072822$isoform_id
hg_symbols<- getBM(attributes=c("ensembl_transcript_id_version", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol"), 
                   filters = "ensembl_transcript_id_version", 
                   values = values, 
                   mart= mart)

PTC_true_072822$ensembl_transcript_id_version <- PTC_true_072822$isoform_id
PTC_true_072822 <- left_join(PTC_true_072822,hg_symbols,by="ensembl_transcript_id_version")

2.3 用GTF文件进行注释

load("gtf_GRCh37.Rdata")
gtf <- gtf_GRCh37[,c(5,7,14)]
gtf$ENST_id <- map_chr(str_split(gtf$transcript_id, "[.]"), 1)
gtf <- gtf[!is.na(gtf$ENST_id),]
dim(gtf)
gtf <- gtf[!duplicated(gtf$ENST_id),]
dim(gtf)
PTC_true_072822 <- left_join(PTC_true_072822,gtf,by="ENST_id")

https://www.yuque.com/docs/share/6980be28-b38b-494e-9b78-c92e43ef7edc?# 《【必备技能】基因注释方法合集》

基因必备sectionENST

有关【必备技能】基因注释方法合集的更多相关文章

  1. ruby - 如何使用 Nokogiri 的 xpath 和 at_xpath 方法 - 2

    我正在学习如何使用Nokogiri，根据这段代码我遇到了一些问题:require'rubygems'require'mechanize'post_agent=WWW::Mechanize.newpost_page=post_agent.get('http://www.vbulletin.org/forum/showthread.php?t=230708')puts"\nabsolutepathwithtbodygivesnil"putspost_page.parser.xpath('/html/body/div/div/div/div/div/table/tbody/tr/td/div

  2. ruby - 如何从 ruby​​ 中的字符串运行任意对象方法？ - 2

    总的来说，我对ruby​​还比较陌生，我正在为我正在创建的对象编写一些rspec测试用例。许多测试用例都非常基础，我只是想确保正确填充和返回值。我想知道是否有办法使用循环结构来执行此操作。不必为我要测试的每个方法都设置一个assertEquals。例如:describeitem,"TestingtheItem"doit"willhaveanullvaluetostart"doitem=Item.new#HereIcoulddotheitem.name.shouldbe_nil#thenIcoulddoitem.category.shouldbe_nilendend但我想要一些方法来使用

  3. ruby - 为什么我可以在 Ruby 中使用 Object#send 访问私有(private)/ protected 方法？ - 2

    类classAprivatedeffooputs:fooendpublicdefbarputs:barendprivatedefzimputs:zimendprotecteddefdibputs:dibendendA的实例a=A.new测试a.foorescueputs:faila.barrescueputs:faila.zimrescueputs:faila.dibrescueputs:faila.gazrescueputs:fail测试输出failbarfailfailfail.发送测试[:foo,:bar,:zim,:dib,:gaz].each{|m|a.send(m)resc

  4. ruby - Facter::Util::Uptime:Module 的未定义方法 get_uptime (NoMethodError) - 2

    我正在尝试设置一个puppet节点，但ruby​​gems似乎不正常。如果我通过它自己的二进制文件(/usr/lib/ruby/gems/1.8/gems/facter-1.5.8/bin/facter)在cli上运行facter，它工作正常，但如果我通过由ruby​​gems(/usr/bin/facter)安装的二进制文件，它抛出:/usr/lib/ruby/1.8/facter/uptime.rb:11:undefinedmethod`get_uptime'forFacter::Util::Uptime:Module(NoMethodError)from/usr/lib/ruby

  5. Ruby 方法() 方法 - 2

    我想了解Ruby方法methods()是如何工作的。我尝试使用“ruby方法”在Google上搜索，但这不是我需要的。我也看过ruby​​-doc.org，但我没有找到这种方法。你能详细解释一下它是如何工作的或者给我一个链接吗？更新我用methods()方法做了实验，得到了这样的结果:'labrat'代码classFirstdeffirst_instance_mymethodenddefself.first_class_mymethodendendclassSecond使用类#returnsavailablemethodslistforclassandancestorsputsSeco

  6. ruby-on-rails - Rails 3.2.1 中 ActionMailer 中的未定义方法 'default_content_type=' - 2

    我在我的项目中添加了一个系统来重置用户密码并通过电子邮件将密码发送给他，以防他忘记密码。昨天它运行良好(当我实现它时)。当我今天尝试启动服务器时，出现以下错误。=>BootingWEBrick=>Rails3.2.1applicationstartingindevelopmentonhttp://0.0.0.0:3000=>Callwith-dtodetach=>Ctrl-CtoshutdownserverExiting/Users/vinayshenoy/.rvm/gems/ruby-1.9.3-p0/gems/actionmailer-3.2.1/lib/action_mailer

  7. ruby - Highline 询问方法不会使用同一行 - 2

    设置:狂欢ruby1.9.2高线(1.6.13)描述:我已经相当习惯在其他一些项目中使用highline，但已经有几个月没有使用它了。现在，在Ruby1.9.2上全新安装时，它似乎不允许在同一行回答提示。所以以前我会看到类似的东西:require"highline/import"ask"Whatisyourfavoritecolor?"并得到:Whatisyourfavoritecolor?|现在我看到类似的东西:Whatisyourfavoritecolor?|竖线(|)符号是我的终端光标。知道为什么会发生这种变化吗？ 最佳答案

  8. ruby - 主要 :Object when running build from sublime 的未定义方法 `require_relative' - 2

    我已经从我的命令行中获得了一切，所以我可以运行rubymyfile并且它可以正常工作。但是当我尝试从sublime中运行它时，我得到了undefinedmethod`require_relative'formain:Object有人知道我的sublime设置中缺少什么吗？我正在使用OSX并安装了rvm。 最佳答案 或者，您可以只使用“require”，它应该可以正常工作。我认为“require_relative”仅适用于ruby​​1.9+ 关于ruby-主要:Objectwhenrun

  9. ruby - 多个属性的 update_column 方法 - 2

    我有一个具有一些属性的模型:attr1、attr2和attr3。我需要在不执行回调和验证的情况下更新此属性。我找到了update_column方法，但我想同时更新三个属性。我需要这样的东西:update_columns({attr1:val1,attr2:val2,attr3:val3})代替update_column(attr1,val1)update_column(attr2,val2)update_column(attr3,val3) 最佳答案 您可以使用update_columns(attr1:val1,attr2:val2

  10. ruby - 检查方法参数的类型 - 2

    我不确定传递给方法的对象的类型是否正确。我可能会将一个字符串传递给一个只能处理整数的函数。某种运行时保证怎么样？我看不到比以下更好的选择:defsomeFixNumMangler(input)raise"wrongtype:integerrequired"unlessinput.class==FixNumother_stuffend有更好的选择吗？ 最佳答案 使用Kernel#Integer在使用之前转换输入的方法。当无法以任何合理的方式将输入转换为整数时，它将引发ArgumentError。defmy_method(number)

随机推荐