GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。在详细的操作步骤前，先简单看一下在北鲲云超算平台提交Gromacs作业的方式。一模板提交这是平台上最为简单的作业提交方式，只需找到软件，按照提示步骤上传作业，选择参数即可自动完成计算。大致界面如下。模板提交适合没有IT基础的用户，作业提交流程、配置参数全可视化界面。二