运行以下代码出现报错，探究原因：enrichKK出现以下报错：Errorinans[ypos]进行解决，查到第一个解决方法是把阈值降低，即将pvalueCutoff=0.01,qvalueCutoff=0.05,修改为：pvalueCutoff=0.2,qvalueCutoff=0.2,但是依旧有以上报错，不断尝试网上的方法依然有问题，发现还是clusterProfiler包的问题，昨天在进行clusterProfiler做KEGG富集分析时出现了错误，昨天发现是KEGG数据库的API更新了，在使用了很多大牛的方法，比如说Y叔的，但是还是报错，依旧显示-->Nogenecanbemapped.
报错一-->Nogenecanbemapped....-->ExpectedinputgeneID:-->returnNULL...报错原因：在线查询KEGG数据库更新了，需要用新版本的R，更新clusterProfiler包R版本不对 R4.1报错二>ekk=enrichKEGG(gene=eg$ENTREZID,organism=organism,keyType="kegg",pAdjustMethod="none",pvalueCutoff=0.5,qvalueCutoff=1)ReadingKEGGannotationonline:"https://rest.kegg.jp/link/
摘要 刚开始接触项目的时候一直用公司搭建好的流程分析项目，慢慢学习后，发现有些地方的注释除了靠参考基因组相关的注释文档，还需要对应物种。在R中绘制KEGG.GOenrich富集图就需要根据物种来读取相应注释包，这里记录一份常用物种及对应注释包表，方便以后使用。注释表packagesorganismorg.Ag.eg.dbAnophelesorg.At.tair.dbArabidopsisorg.Bt.eg.dbBovineorg.Ce.eg.dbWormorg.Cf.eg.dbCanineorg.Dm.eg.dbFlyorg.Dr.eg.dbZebrafishorg.EcK12.eg.dbE
摘要 刚开始接触项目的时候一直用公司搭建好的流程分析项目，慢慢学习后，发现有些地方的注释除了靠参考基因组相关的注释文档，还需要对应物种。在R中绘制KEGG.GOenrich富集图就需要根据物种来读取相应注释包，这里记录一份常用物种及对应注释包表，方便以后使用。注释表packagesorganismorg.Ag.eg.dbAnophelesorg.At.tair.dbArabidopsisorg.Bt.eg.dbBovineorg.Ce.eg.dbWormorg.Cf.eg.dbCanineorg.Dm.eg.dbFlyorg.Dr.eg.dbZebrafishorg.EcK12.eg.dbE
相信大家对GO和KEGG富集分析并不陌生，有时候富集分析会得到很多显著的结果。全部展示，版面不够。但是如果只展示前几个显著的GO条目或者KEGG通路的话，跟自己研究的对象相关的又不在里面。今天小编就来帮助大家解决这个尴尬的问题，把我们感兴趣的GO条目和KEGG通路挑出来，然后再来画图。有人可能要抬杠了，这不是伪造数据吗？NO，NO，NO，我们挑选出来展示的结果肯定也要是显著的。我们没有篡改任何数据，只是把“最美”的一面展示给大家。如果你一定要抬杠，我们也可以把完整结果放到附件里面。关于DAVID这个工具，小编前面也用了好几期的内容来给大家介绍。如何使用DAVID做GO和KEGG富集分析，并且给
上期“干货预警——原来基因功能富集分析这么简单！”和“【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用Rggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。本期介绍使用RclusterProfiler包和RAnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化。GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择，使用RclusterProfiler包对基因进行富集，需要导入目的基因（前景基因）相对应物种的参考基因组（背景基因），现阶段“biocon
上期“干货预警——原来基因功能富集分析这么简单！”和“【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用Rggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。本期介绍使用RclusterProfiler包和RAnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化。GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择，使用RclusterProfiler包对基因进行富集，需要导入目的基因（前景基因）相对应物种的参考基因组（背景基因），现阶段“biocon
这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway名称，跟平常做的富集分析很不一样。把图里面的二级注释换成具体的pathway会更好。另外，这个图中横坐标是基因数，但我觉得在富集分析中这个数值并不重要（基因ratio比单个数值重要），我们可以换成p值
这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway名称，跟平常做的富集分析很不一样。把图里面的二级注释换成具体的pathway会更好。另外，这个图中横坐标是基因数，但我觉得在富集分析中这个数值并不重要（基因ratio比单个数值重要），我们可以换成p值
一、KEGG数据下载1、先进入官网：https://www.kegg.jp/image.png2、进入KO(KEGGORTHOLOGY)Databaseimage.png3、点击此处选择物种image.png4、此处以斑马鱼为例，所以选择dreimage.png5、下载json文件到本地image.png二、json文件的处理importjsonimportreK_ko_dict={}withopen(json,"r")asf:K_ko_file_content=json.load(f)forchildren_infoinK_ko_file_content.get("children"):fo
