一、KEGG数据下载1、先进入官网：https://www.kegg.jp/image.png2、进入KO(KEGGORTHOLOGY)Databaseimage.png3、点击此处选择物种image.png4、此处以斑马鱼为例，所以选择dreimage.png5、下载json文件到本地image.png二、json文件的处理importjsonimportreK_ko_dict={}withopen(json,"r")asf:K_ko_file_content=json.load(f)forchildren_infoinK_ko_file_content.get("children"):fo

####安装包install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version="3.13")BiocManager::install("gprofiler2")BiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("AnnotationHub")BiocManager::install("org.Bt.eg.db")GO分析（上下调基因分开做，可用于BP,CC,MF分开画图）##方法2：下载到本地加载,每次使用上传,（推荐）library(AnnotationDbi)set

####安装包install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version="3.13")BiocManager::install("gprofiler2")BiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("AnnotationHub")BiocManager::install("org.Bt.eg.db")GO分析（上下调基因分开做，可用于BP,CC,MF分开画图）##方法2：下载到本地加载,每次使用上传,（推荐）library(AnnotationDbi)set

有小伙伴发来图，想让实现一下，是一个KEGG分析的柱状图，图的特点是文字标签颜色与柱子颜色一样，其实这个图也就这么一个特点，其他的柱状图的特征都没有什么，很普通的ggplot做法，最终效果如下：image.png首先读入数据，示例数据使用的是之前的文章：复现《naturecommunications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图。setwd("E:/")A先做一个普通的柱状图。只需要两个参数，一个是genecount，一个是富集的GO或者KEGGterms。ggplot(A)+geom_bar(aes(Description,Count),stat="identity")+coor

有小伙伴发来图，想让实现一下，是一个KEGG分析的柱状图，图的特点是文字标签颜色与柱子颜色一样，其实这个图也就这么一个特点，其他的柱状图的特征都没有什么，很普通的ggplot做法，最终效果如下：image.png首先读入数据，示例数据使用的是之前的文章：复现《naturecommunications》图表（四）：ggplot画多组富集气泡图。setwd("E:/")A先做一个普通的柱状图。只需要两个参数，一个是genecount，一个是富集的GO或者KEGGterms。ggplot(A)+geom_bar(aes(Description,Count),stat="identity")+coor