关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读,见前三篇分享:序列比对软件MUMmer快速上手(一)序列比对软件MUMmer高级使用(二)序列比对软件MUMmer结果文件解读(三)本篇来介绍一下获得的 .delta如何进一步处理分析;delta-filterdelta-filter用于操作.delta文件并根据各种选择所需要的alignments;常用命令:delta-filter[options]>可选的参数有(部分展示):-g #1对1全局匹配,不允许重排;-i #最小的相似度(Settheminimumalignmentidentity),可设[0,100],默认为0;-l #最小的匹
MUMmer4是一个快速比对DNA或蛋白序列的软件,最常用的program就是nucmer和promer,分别是比对核苷酸和氨基酸序列的,接下来以nucmer为例详细介绍。安装wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gztar -zxvf mummer-4.0.0rc1.tar.gzcd mummer-4.0.0rc1./configure --prefix=/path/to/installationmakemakeinstall简单上手取一个参考基因组re
MUMmer4是一个快速比对DNA或蛋白序列的软件,最常用的program就是nucmer和promer,分别是比对核苷酸和氨基酸序列的,接下来以nucmer为例详细介绍。安装wget https://github.com/mummer4/mummer/releases/download/v4.0.0rc1/mummer-4.0.0rc1.tar.gztar -zxvf mummer-4.0.0rc1.tar.gzcd mummer-4.0.0rc1./configure --prefix=/path/to/installationmakemakeinstall简单上手取一个参考基因组re