PyAutoFEP自由能微扰计算–基于Gromacs简介注意：以下教程假定读者熟悉分子动力学(MD)和自由能微扰(FEP)理论。此外，了解GROMACS工具、拓扑和输入文件也很有用。整个教程都使用Linux命令行。最后，建议用户阅读并参考PyAutoFEP手册，其中描述了程序的详细信息。PyAutoFEP使用GROMACS自动设置和分析小分子与大分子靶标结合的相对自由能。PyAutoFEP自动生成扰动图、设置计算和分析。它使用灵活的λ方案并集成REST2，允许对扰动区域进行部分回火，从而加快收敛速度​​。PyAutoFEP具有三个模块：扰动图生成器、用于设置仿真系统和准备输入的模块以及分析模块