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泛基因组文献007~GenomeBiology 玉米泛基因组

论文Apan-Zeagenomemapforenhancingmaizeimprovementhttps://link.springer.com/article/10.1186/s13059-022-02742-7#availability-of-data-and-materials提供了数据处理流程https://github.com/songtaogui/pan-Zea_construct/tree/v1.0.0仔细看看论文,然后试着这个流程首先是流程的安装整个流程是shell写的,依赖软件image.png大部分都可以用conda安装bbtools这个软件conda安装的时候是安装bbm

Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据

本节简单介绍Aspera安装和使用,并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法,通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃前言:我们下载测序数据一般使用sra-tools的prefetch功能,通过SRR号从NCBI的SRA数据库下载SRA文件,这种方式比较稳定,但下载速度有所限制且需要将SRA再转化为FASTQ文件,这过程中又会消耗不少时间和算力。一种替代方法是使用Aspera软件,从EBI(EuropeanBioinformaticsInstitute)的ENA(EuropeanNucleotideArchive)数据库直接下载FASTQ格式文件,免去