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STRINGdb | 交互式可视化蛋白网络互作

在STRING数据库中提交基因,获取PPI网络是比较常规的操作,包括下游使用cytoscape进行美化和hub网络的提取,但过程还是比较麻烦,本期介绍通过R语言来挖掘STRING数据库1.效果展示通过利用差异分析结果,使用STRINGdb包挖掘蛋白交互关系,使用visNetwork构建互作网络,并利用RPubs将网络上传至服务器,实现蛋白互作网络的交互式可视化image2.前期准备2.1R包library(STRINGdb)library(visNetwork)2.2差异分析结果>head(diff_exp_example1)geneslogFClogCPMPValueFDR1CYP1A1-9