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矩池云快速安装torch-sparse、torch-geometric等包

租用机器,按自己需要的环境选择一个环境,我这里选择的是Pytorch1.10。租用成功后点击租用页面的Jupyterlab链接。Jupyterlab里新建一个Terminal用来安装环境,先检查Pytorch、CUDA版本,如下图可以看到我的环境Pytorch1.10.0,CUDA11.3。接下来安装torch-scattertorch-sparsetorch-clustertorch-spline-convtorch-geometric这些包。PyG官方提供的安装方法(部分torch版本下安装会出错):pipinstalltorch-scattertorch-sparsetorch-clus

R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构

稀疏矩阵几乎产生于所有的大型科学工程计算领域,记录样本特征值的稠密矩阵中很多记录值都是0,由于0不携带信息,因此耗费空间存储0元素是很浪费资源的行为。而且很多计算只对非零元素进行操作,将特征矩阵构建成稀疏矩阵,可以很容易的索引到非零元素,所以基于稀疏矩阵的数据运算,可是实现更低的资源占用和更快的计算速度。在单细胞领域,稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的,构建分析对象的时候它们消耗更低的内存。本文重点介绍R语言稀疏矩阵对象格式,稀疏矩阵的重构,稀疏矩阵与稠密矩阵的相互转换。三种类型的稀疏矩阵对象结构首先,稀疏矩阵的一般格式主要有三种:dgTMatrix:::创建未压缩的三元

R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构

稀疏矩阵几乎产生于所有的大型科学工程计算领域,记录样本特征值的稠密矩阵中很多记录值都是0,由于0不携带信息,因此耗费空间存储0元素是很浪费资源的行为。而且很多计算只对非零元素进行操作,将特征矩阵构建成稀疏矩阵,可以很容易的索引到非零元素,所以基于稀疏矩阵的数据运算,可是实现更低的资源占用和更快的计算速度。在单细胞领域,稀疏矩阵对于处理scRNA-seq表达谱数据是非常必要的,构建分析对象的时候它们消耗更低的内存。本文重点介绍R语言稀疏矩阵对象格式,稀疏矩阵的重构,稀疏矩阵与稠密矩阵的相互转换。三种类型的稀疏矩阵对象结构首先,稀疏矩阵的一般格式主要有三种:dgTMatrix:::创建未压缩的三元
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