草庐IT

Seurat分析10x Visium空间转录组数据

本教程使用Seurat包进行10xVisium单细胞空间转录组数据分析。这个教程涉及:标准化降维和聚类检测空间差异表达基因交互可视化与单细胞转录组整合分析整合切片信息#1.R环境##检查Seurat版本本教程:Seurat(>=3.2)help(Seurat)##安装包:#EntercommandsinR(orRstudio,ifinstalled)install.packages('Seurat')SeuratData是数据分发Seurat对象的包。使用它可以直接访问Seurat教程中使用的数据集。devtools::install_github('satijalab/seurat-data

Seurat分析10x Visium空间转录组数据

本教程使用Seurat包进行10xVisium单细胞空间转录组数据分析。这个教程涉及:标准化降维和聚类检测空间差异表达基因交互可视化与单细胞转录组整合分析整合切片信息#1.R环境##检查Seurat版本本教程:Seurat(>=3.2)help(Seurat)##安装包:#EntercommandsinR(orRstudio,ifinstalled)install.packages('Seurat')SeuratData是数据分发Seurat对象的包。使用它可以直接访问Seurat教程中使用的数据集。devtools::install_github('satijalab/seurat-data