各种坐标系地心地固坐标系（Earth-Centered,Earth-Fixed，ECEF），简称地心坐标系。地理坐标系统（GeographicCoordinateSystem，GCS）1，坐标系是地心坐标系，用经纬度表示球面上的点。世界大地测量系统（WorldGeodeticSystem,WGS），比如WGS84，是一种地理坐标系统，用于全球定位系统（GPS）。投影坐标系统（ProjectionCoordinateSystem，PCS）2，，在二维平面上用米表示位置。通用横轴墨卡托投影（UniversalTransverseMercator，UTM），是一种投影方法。高斯坐标，
1准备阶段2数据预处理2.1构建索引参考基因组索引的构建dbSNP索引的构建（2.6BQSR之前做好就行）2.2bwa比对2.3merge个体2.4排序2.5去除重复序列（或者标记重复序列）2.6重新校正碱基质量值（BQSR）BQRS第一步(BaseRecalibrator)BQRS第二步(ApplyBQSR)3变异检测1准备阶段部署好相关的软件和工具BWA(Burrow-WheelerAligner)Version0.7.17-r1188解压、编译SamtoolsVersion:1.16.1解压tarjxvfsamtools-1.16.1.tar.gz进入目录cdsamtools-1.16.
1准备阶段2数据预处理2.1构建索引参考基因组索引的构建dbSNP索引的构建（2.6BQSR之前做好就行）2.2bwa比对2.3merge个体2.4排序2.5去除重复序列（或者标记重复序列）2.6重新校正碱基质量值（BQSR）BQRS第一步(BaseRecalibrator)BQRS第二步(ApplyBQSR)3变异检测1准备阶段部署好相关的软件和工具BWA(Burrow-WheelerAligner)Version0.7.17-r1188解压、编译SamtoolsVersion:1.16.1解压tarjxvfsamtools-1.16.1.tar.gz进入目录cdsamtools-1.16.
CGCS2000是中国2000国家大地坐标系的缩写，该坐标系是通过中国GNSS连续运行基准站、空间大地控制网以及天文大地网联合平差建立的地心大地坐标系统。2000国家大地坐标系以ITRF97参考框架为基准，参考框架历元为2000.0。CGCS2000坐标系原点和轴定义如下：原点为地球的质量中心；Z轴指向IERS参考极方向；X轴为IERS参考子午面与通过原点且同Z轴正交的赤道面的交线；Y轴完成右手地心地固直角坐标系。2000国家大地坐标系的大地测量基本常数分别为:长半轴a=6378137m;地球引力常数GM=3.986004418×1014m3s-2;扁率f=1/298.257222101;
CGCS2000是中国2000国家大地坐标系的缩写，该坐标系是通过中国GNSS连续运行基准站、空间大地控制网以及天文大地网联合平差建立的地心大地坐标系统。2000国家大地坐标系以ITRF97参考框架为基准，参考框架历元为2000.0。CGCS2000坐标系原点和轴定义如下：原点为地球的质量中心；Z轴指向IERS参考极方向；X轴为IERS参考子午面与通过原点且同Z轴正交的赤道面的交线；Y轴完成右手地心地固直角坐标系。2000国家大地坐标系的大地测量基本常数分别为:长半轴a=6378137m;地球引力常数GM=3.986004418×1014m3s-2;扁率f=1/298.257222101;
2000国家大地坐标系（简称为CGCS2000）是我国最新的国家大地坐标系统，于2008年7月1日在我国正式启用，其优越性已逐步得到体现。WGS84坐标系是美国国防部制图局建立起的坐标系，从建立之初到现在经过了四次精化，并在后三次精化中与ITRF相应的框架和历元对齐。CGCS2000采用的ITRF97框架、2000.0历元的三维地心坐标系统，因地球上的板体是在不断运动导致不同时刻位于地球不同板块上站点的实际位置发生变化，偏离了CGCS2000的位置。如基于当前的ITRF97框架、2009历元坐标值与CGCS2000坐标的相比，最大差0.6m。随着CGCS2000坐标系的广泛应用，在实际生产
2000国家大地坐标系（简称为CGCS2000）是我国最新的国家大地坐标系统，于2008年7月1日在我国正式启用，其优越性已逐步得到体现。WGS84坐标系是美国国防部制图局建立起的坐标系，从建立之初到现在经过了四次精化，并在后三次精化中与ITRF相应的框架和历元对齐。CGCS2000采用的ITRF97框架、2000.0历元的三维地心坐标系统，因地球上的板体是在不断运动导致不同时刻位于地球不同板块上站点的实际位置发生变化，偏离了CGCS2000的位置。如基于当前的ITRF97框架、2009历元坐标值与CGCS2000坐标的相比，最大差0.6m。随着CGCS2000坐标系的广泛应用，在实际生产
