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利用 AWS pcluster + Vina 进行百万级分子库虚拟筛选

在上一篇博文中《使用AutodockVina进行分子对接》中我们介绍使用Vina进行单分子虚拟筛选的过程。现在,我们介绍利用AWS的pcluster工具进行大规模分子虚拟筛选。如果你需要自己使用AWS的资源配置一个超算集群,那么重头阅读到尾。如果你已经有了超算资源(slurm调度),例如:并行科技,超算中心,那么可以直接跳到第三部分。AWSpcluster+Vina进行百万级分子库虚拟筛选的整体架构如下:一、关于AWSpclusterAWSpcluster的全程是AmazonParallelCluster,是Amazon支持的开源集群管理工具,可在AmazonWebServices云中部署和管

AWS S3 存储桶复制及权限同步

1、存储桶复制分为2种:SCR,CCR SCR和CCR的操作文档可以参考AWS官方文档,这里就不重复了:复制对象-AmazonSimpleStorageService使用S3分批复制以复制现有对象-AmazonSimpleStorageService授予AmazonS3分批操作的权限-AmazonSimpleStorageServiceSCR可以同步对象的权限,不需要额外的权限同步操作。CCR无法同步除所有者之外的权限,需要进行其他权限的同步,需要通过写批量同步权限的脚本完成同步操作下面是同步公开READ的权限脚本示例,供参考:#!/usr/bin/python3#-*-coding:utf-

html - 自定义错误文件 : AccessDenied Message 的 AWS CloudFront 问题

这是我在Stackoverflow中的第一篇文章,我试图寻找我目前遇到的CloudFront服务静态S3网站页面问题的答案,准确地说,是自定义404错误页面。希望你能帮助我:=))我没有使用任何代码,只是将AWS控制台用作POC。这是场景:a)我创建了两个桶。名称是(例如):mybucket.com和www.mybucket.com。b)我已将我的静态网站(一个非常简单的网站)放在mybucket.com中并将www.mybucket.com重定向到它。c)内容桶(mybucket.com)有一个index.html文件,一个图像文件。我在存储桶下创建了一个文件夹(称为错误),并在其中

html - 自定义错误文件 : AccessDenied Message 的 AWS CloudFront 问题

这是我在Stackoverflow中的第一篇文章,我试图寻找我目前遇到的CloudFront服务静态S3网站页面问题的答案,准确地说,是自定义404错误页面。希望你能帮助我:=))我没有使用任何代码,只是将AWS控制台用作POC。这是场景:a)我创建了两个桶。名称是(例如):mybucket.com和www.mybucket.com。b)我已将我的静态网站(一个非常简单的网站)放在mybucket.com中并将www.mybucket.com重定向到它。c)内容桶(mybucket.com)有一个index.html文件,一个图像文件。我在存储桶下创建了一个文件夹(称为错误),并在其中

《开放平台鉴权方式详解:OAuth 2.0、API Key、HTTP Basic Authentication》

当今开放平台已经成为了很多应用程序的核心,如何在保证用户数据安全的前提下,为第三方应用程序提供必要的数据访问权限,是开放平台鉴权方式设计的关键问题之一。本文将从OAuth2.0、APIKey和HTTPBasicAuthentication三个方面来介绍开放平台主要鉴权方式。之前写过一篇文章,主要介绍鉴权相关的内容:常用的鉴权方式及它们之间的区别(JWT、Session、SSO等)(图解)OAuth2.0授权模式及应用场景一、开放平台常见的接口鉴权方式主要包括以下几种:OAuth2.0:OAuth2.0是一种授权框架,用于授权第三方应用访问用户的资源,比如用户的照片、个人信息等。OAuth2.0

解决mysql8.0主从配置,从库连接报错:Authentication plugin ‘caching_sha2_password‘ reported error

其他配置都是按照网上分享的流程,但是showslavestatus;查看从库状态时,Slave_IO_Running=connecting,这个状态是不对的(正常的Slave_IO_Running=YES)后面有个slave_sql_Running_state字段,可以看到错误信息:errorconnectingtomaster'slave@192.168.0.104:3306'-retry-time:60retries:6message:Authenticationplugin'caching_sha2_password'reportederror: Authenticationrequir

AWS 中文入门开发教学 36- 连接MySQL - MySQL客户端工具

知识点在EC2安装MySQL客户端工具,连接到MySQLRDS数据库实例实战演习拷贝数据库终端节点安装MySQL客户端命令行工具连接到MySQL服务器实例建立数据表添加数据Let’sGo$sudoyum-yupdate$sudoyum-yinstallmysql$mysql-hmysqldev.cbcbjcjywvwn.ap-northeast-1.rds.amazonaws.com-uroot-p#连接到rds终端节点mysql>showdatabases;mysq

Git上传文件时报错:The authenticity of host xxx can‘t be established.

一、问题描述当使用push命令把本地文件推到远端时,报错:二、问题解决1、生成密钥时,在.ssh文件夹中只有2个密钥文件,缺少known_hosts文件:解决方法:先删除根目录下.ssh所有文件,重新生成key,出现此提示时输入yes,不然不会生成known_hosts文件2、hosts文件配置问题:C:\Windows\System32\drivers\etc找到hosts文件。用记事本格式打开后在最后一行加上180.97.125.228gitee.com注意这里输入你自己的主机号tips:如果编辑完成后提示你没有权限在此位置中保存文件,右键选择hosts属性,选择安全,点击编辑,选择Use

AWS多账户单点登录 IAM Identity Center(AWS SSO)

需求场景多个aws账户,登陆麻烦且不安全,SSO单点功能并且外部身份提供者—如果您要管理外部身份提供者(IdP)(例如Okta或ActiveDirectory)中的用户。官方文档:https://docs.aws.amazon.com/zh_cn/singlesignon/latest/userguide/getting-started.html最佳实践:https://aws.amazon.com/cn/blogs/security/how-to-create-and-manage-users-within-aws-sso/大致步骤前提条件:开启org纳管多个账户,并且开启所有功能,会给成员

解决no supported authentication methods avaiable

在(小乌龟)向github远程推送文件的时候会报错nosupportedauthenticationmethodsavaiable原因:因为git(小乌龟)和Git的冲突我们需要把乌龟git设置改正。解决方法:找到TortoiseGit--》Settings(设置)--》Network(网络)  其中的这个路径就是自己安装git的盘,我是将git安装到了D盘,按照这个步骤一步步来即可。