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python - Spark : More Efficient Aggregation to join strings from different rows

我目前正在处理DNA序列数据,但遇到了一些性能障碍。我有两个查找字典/散列(作为RDD),以DNA“单词”(短序列)作为键,索引位置列表作为值。一个用于较短的查询序列,另一个用于数据库序列。即使是非常非常大的序列,创建表的速度也非常快。下一步,我需要将它们配对并找到“命中”(每个常用词的索引位置对)。我首先加入查找词典,速度相当快。但是,我现在需要这些对,所以我必须进行两次平面映射,一次是从查询中扩展索引列表,第二次是从数据库中扩展索引列表。这并不理想,但我看不到另一种方法。至少它表现不错。此时的输出为:(query_index,(word_length,diagonal_offset

python - 日期时间 : conversion from string with timezone name not working

我有以下字符串"2017-03-3008:25:00CET"我想将其转换为datetimetz-aware对象。根据thisSOquestion,从python3.2开始,它可以只使用datetime模块来完成。此外,来自documentation,我明白了%z|UTCoffsetintheform+HHMMor-HHMM(emptystringiftheobjectisnaive).|(empty),+0000,-0400,+1030%Z|Timezonename(emptystringiftheobjectisnaive).|(empty),UTC,EST,CST所以我尝试以下da

python - 我得到 "TypeError: exceptions must derive from BaseException"即使我确实定义了它

根据python文档,Exception派生自BaseExceptions,我应该将它用于用户定义的异常。所以我有:classVisaIOError(Exception):def__init__(self,error_code):abbreviation,description=_completion_and_error_messages[error_code]Error.__init__(self,abbreviation+":"+description)self.error_code=error_code和raise(visa_exceptions.VisaIOError,stat

Python ctypes.WinDLL 错误,找不到 _dlopen(self._name, mode)

ctypes.WinDLL("C:\ProgramFiles\AHSDK\bin\ahscript.dll")Traceback(mostrecentcalllast):File"",line1,inFile"C:\Python26\lib\ctypes\__init__.py",line353,in__init__self._handle=_dlopen(self._name,mode)WindowsError:[Error126]Thespecifiedmodulecouldnotbefound我该如何解决?我在C:\Python26\lib\ctypes\__init__.py中

python - 成功安装 Python Homebrew 软件后,运行 `pip` 会得到 'command not found'

前言,我对终端很不好,请耐心等待。当我运行pip时,我得到:zsh:找不到命令:pip我已经用brew安装了Python2.7.11,它应该允许pip工作当我运行echo$PATH我得到/usr/local/sbin/Users/Nicolas/.composer/vendor/bin/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/bin/usr/local/bin/usr/bin/bin/usr/sbin/sbin我注意到/usr/local/bin/在那里,我知道这是brew可执行文件链接到的地方当我运行which-apython

python - Pandas 数据框 : add & remove prefix/suffix from all cell values of entire dataframe

要为数据框添加前缀/后缀,我通常会执行以下操作。比如添加后缀'@',df=df.astype(str)+'@'这基本上为所有单元格值附加了一个'@'。我想知道如何去掉这个后缀。pandas.DataFrame类是否有直接从整个DataFrame中删除特定前缀/后缀字符的方法?我试过在使用rstrip('@')时遍历行(作为系列),如下所示:forindexinrange(df.shape[0]):row=df.iloc[index]row=row.str.rstrip('@')现在,为了从这个系列中制作数据框,new_df=pd.DataFrame(columns=list(df))n

python - 抽象类的错误 "__init__ method from base class is not called"

我有classA(object):def__init__(self):raiseNotImplementedError("A")classB(A):def__init__(self):....和pylint说__init__methodfrombaseclass'A'isnotcalled很明显,我不想做super(B,self).__init__()那我该怎么办?(我尝试了abc并得到了Undefinedvariable'abstractmethod'来自pylint,因此这也不是一个选项)。 最佳答案 忽略pylint。它只是一

python - pip 无法安装任何东西,错误 : invalid command 'egg_info'

除了MacOSX自带的Python版本之外,我最近还从他们的网站下载了python。这是我开始在使用pip安装软件包时遇到问题。sudopipinstall-vvvpygoogle将输出如下:Thedirectory'/Users/robot/Library/Caches/pip/http'oritsparentdirectoryisnotownedbythecurrentuserandthecachehasbeendisabled.Pleasecheckthepermissionsandownerofthatdirectory.Ifexecutingpipwithsudo,youma

python - 撤消 "Install Certificates.command"

在Mac上的Python3.6+中,各种与SSL相关的操作将失败(通常带有神秘的SSL:CERTIFICATE_VERIFY_FAILED错误),直到您运行/Applications/Python\3.6/Install\Certificates.command安装根证书。遇到这样的错误后,我用谷歌搜索,最终发现了这个解决方案(在例如https://bugs.python.org/issue29065#msg283984中注明),并成功了。但现在我想调整我的代码以捕获我之前看到的错误并显示一条有用的错误消息,向用户解释他们需要运行/Applications/Python\3.6/Ins

python - "from MODULE import _"在 python 中做什么?

在Gettingthingsgnome代码库中,我偶然发现了这个import语句fromGTGimport_不知道这是什么意思,在文档中从未见过这个,所以/谷歌快速搜索没有找到任何东西。 最佳答案 fromGTGimport_将_函数从GTG模块导入“当前”命名空间。通常,_函数是gettext.gettext()的别名。,一个显示给定消息的本地化版本的函数。该文档给出了一个很远很远的模块中其他地方通常发生的事情的图片:importgettextgettext.bindtextdomain('myapplication','/pat