关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。官方教程参考：https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/一、软件安装老样子，还是先说一下安装和分析文件的准备，前面环境的配置和之前cellphonedb一样，如果已经操作过的，可以跳过：#安装下载及环境设置#安装一个conda，为什么安装他可以理解为Rstuido之于R,后期在环境设置、软
学习某些生物数据分析重要的R包时，极有可能第一步安装R包就被卡住。学习R的过程中也积累了很多R包安装不上的解决方法，希望对大家有所帮助。这里以phyloseq包为例，尝试多种安装方式。1.直接安装R库中的包#一种使用rbase的安装方式if(!requireNamespace("phyloseq",quietly=TRUE))install.packages("phyloseq")#repos参数可以设置安装源，?install.packages可以查看更多参数意义#Bioconductr包可以使用BiocManager安装if(!requireNamespace("BiocManager",
关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。官方教程参考：https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/一、软件安装老样子，还是先说一下安装和分析文件的准备，前面环境的配置和之前cellphonedb一样，如果已经操作过的，可以跳过：#安装下载及环境设置#安装一个conda，为什么安装他可以理解为Rstuido之于R,后期在环境设置、软
1了解conda，anaconda，miniconda，bioconda套娃1.1condaconda是一个软件模块管理工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理，可以用来管理Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C/C++,FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多，有点类似于pip工具。conda的用途：快速安装、运行和升级包及其依赖项在计算机中便捷地创建、保存、加载和切换环境1.2anacondaanaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。Anaconda具
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cellRNAsequencinghighlightstheroleofinflammatorycancer-associatedfibroblastsinbladderurothelialcarcinoma》分析原理对于这个包我想发表一下感想，这个包刚开始对于我来说比较难理解，其实跟着官方教程running无非就是debug而已，这没啥，重要的是这个分析做了些啥，最后得到啥，我能讲啥，这是最难的，反正我是不敢做那些我自己都不了解过程的分析，所以首先我们要了解这个包
1了解conda，anaconda，miniconda，bioconda套娃1.1condaconda是一个软件模块管理工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理，可以用来管理Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C/C++,FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多，有点类似于pip工具。conda的用途：快速安装、运行和升级包及其依赖项在计算机中便捷地创建、保存、加载和切换环境1.2anacondaanaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。Anaconda具
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cellRNAsequencinghighlightstheroleofinflammatorycancer-associatedfibroblastsinbladderurothelialcarcinoma》分析原理对于这个包我想发表一下感想，这个包刚开始对于我来说比较难理解，其实跟着官方教程running无非就是debug而已，这没啥，重要的是这个分析做了些啥，最后得到啥，我能讲啥，这是最难的，反正我是不敢做那些我自己都不了解过程的分析，所以首先我们要了解这个包
