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跟着Nature Genetics学作图:R语言ggpairs散点图一次性展示很多个主成分

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.pdf代码链接https://zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzichttps://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/

跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2散点图突出强调其中某些点

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.pdf代码链接https://zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzichttps://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/

跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2散点图及多图共享图例

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遗传算法 (Genetic Algorithm, GA)

遗传算法(GeneticAlgorithm,GA)遗传算法简介类比达尔文进化论达尔文进化理论遗传算法对应概念基因型(Genotype)种群(Population)适应度函数(Fitnessfunction)选择(Selection)交叉(Crossover)突变(Mutation)编码补充二进制编码格雷码浮点编码法符号编码法遗传算法常用术语遗传算法理论图式定理(schematheorem)遗传算法与传统算法的差异遗传算法的优缺点优点局限性遗传算法应用场景遗传算法的基本特征遗传算法的组成要素算法的基本流程创建初始种群计算适应度选择、交叉和变异算法终止条件其他精英主义(elitism)小生境与共享

跟着Nature Genetics学作图:使用ggarrange包对ggplot2的多个图进行组合

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遗传算法(Genetic Algorithm)

遗传算法(GA,GeneticAlgorithm)是进化算法(EA,EvolutionaryAlgorithm)的一种。进化算法还包括进化编程(Evolutionaryprogramming)、进化策略(EvolutionStrategy)、以及遗传编程(Geneticprogramming)等。一般认为遗传算法是由JohnH.Holland于1975正式提出的,之后Holland及其研究团队还不断完善遗传算法理论。目前,遗传算法作为一种重要的最优化方法得到广泛应用一.遗传算法概论1.1遗传算法的基本思想遗传算法是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型,是一种通过模

跟着Nature Genetics学作图:R语言ggplot2普通箱线图/分组箱线图/分面箱线图

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.pdf代码链接https://zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzichttps://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/

跟着Genes|Genomes|Genetics学数据分析:R语言edgeR包做转录组差异表达分析

论文Sex-SpecificCo-expressionNetworksandSex-BiasedGeneExpressionintheSalmonidBrookCharrSalvelinusfontinalis数据代码公开https://github.com/bensutherland/sfon_wgcna还有wgcna的代码,论文里对方法和结果部分介绍的还挺详细,可以对照着论文然后学习WGCNA的代码今天的推文先学习差异表达分析的代码论文中提供的原始count文件有100多个样本,数据量有点大。这里我只选择其中的20个样本。读取表达量文件library(readr)my.counts对数据进

Genetic Programming遗传规划python库教程(gplearn和DEAP)

以下内容来自官网教程DEAPBasictutorials:进化计算框架,提供了多种算法所需模块(GA,GP,DE,PSO…)gplearnWelcometogplearn’sdocumentation:pythonGP库,提供了符号回归,分类等方法1.gplearn1.1Introduction(介绍)gplearn用python实现GeneticProgramming,和scikit-learn一样提供了可兼容API,GP在很多领域得到了广泛应用,gplearn主要用于解决Symbolicregression(符合回归)问题。Symbolicregression是一种机器学习技术,用于找到描

遗传算法(Genetic Algorithm,GA)

这是一篇关于遗传算法的总结博客,包括算法思想,算法步骤,python实现的两个简单例子,算法进阶(持续更新ing)。目录1算法思想2算法步骤3第一个简单的例子(python实现)4二元函数例子(python实现)5算法进阶1算法思想遗传算法的应用很多,诸如寻路问题,8数码问题,囚犯困境,动作控制,找圆心问题(在一个不规则的多边形中,寻找一个包含在该多边形内的最大圆圈的圆心),TSP问题,生产调度问题,人工生命模拟等。遗传算法起源于对生物系统所进行的计算机模拟研究,是一种随机全局搜索优化方法,它模拟了自然选择和遗传中发生的复制、交叉(crossover)和变异(mutation)等现象,从任一初
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