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【GEO数据库挖掘】一、了解GEO数据库及数据下载

找出文章GSE号,修改后缀即可。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE24673使用RStudio小tips:新建文件夹拷贝project文件可以在R中快速定位文件夹位置。很方便。1下载原始数据RAW.tar。(并不推荐)image.pngRAW.tar使用affymetix包处理。不同数据库使用的R包也不一样。2下载表达矩阵Matrix。(推荐)image.png使用函数读取:a3在R中直接读取。(也和网络有关,不过我还是倾向第二种方法,下述代码仅作示例)##安装包source("http://www.bioconduct

GEO数据挖掘基本流程与代码

写在前面:本文内容出自生信技能树的生信入门系列课程笔记,感谢小洁老师、Jimmy老师的分享。GEO数据挖掘分析思路:1.找数据,找到GSE编号2.下载数据(表达矩阵、临床信息、分组信息)3.数据探索(分组之间是否有差异,PCA、整个数据的热图)4.limma差异分析及可视化(P值、logFC,火山图、差异基因的热图)5.富集分析KEGG、GO注意:该标准流程只适用于表达芯片分析,甲基化、SNP等芯片的流程详见生信技能树专题。GEO表达芯片分析的要点:解决probe_id与genesymbol、样本编号GSM与分组之间的对应关系。GO富集的3个方面:1.分子功能(MolecularFunctio

GEO数据挖掘基本流程与代码

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GEO单细胞测序数据下载

GEO数据库下载单细胞测序原始数据如果想要分析数据库中的数据,可以从文献中获得数据的GSE号,举个例子:image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation(nih.gov)搜索GSE144024,就会得到如下信息:image.png其中,GSM号为样本编号,后面有详细信息。点击SRARUNSelector,就可以看到每个样本的SRR号。image.png选择想要下载的SRR,点击selected-accessionlist,就可得到一个编号的文本文件。但是呢想要下载,还得需要借助其他软件sratools。image.pngsrat

GEO单细胞测序数据下载

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GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用

ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的,谁用谁知道!像NCBI(GEO/sra)就是在用,总之两个字:真香!。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。在这里呢,我已经给大家下载好了,在下面网盘中下载就行了,设置的永久有效哦。链接:https://pan.baidu.com/s/18yRK_2mVnKM_IeXrcWpbyg提取码:eyvb1.安装ascpbash/你的ascp放的路径/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh安装完成后,应该会出现下面的提示:InstallingAsperaConnectDe

GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用

ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的,谁用谁知道!像NCBI(GEO/sra)就是在用,总之两个字:真香!。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。在这里呢,我已经给大家下载好了,在下面网盘中下载就行了,设置的永久有效哦。链接:https://pan.baidu.com/s/18yRK_2mVnKM_IeXrcWpbyg提取码:eyvb1.安装ascpbash/你的ascp放的路径/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh安装完成后,应该会出现下面的提示:InstallingAsperaConnectDe

是时候丢掉项目里Shape XML文件了

项目里的shape.xmlselector.xmllayer_list.xml文件太多啦想个办法替代吧:1.shape.xml的替代法旧写法-shape.xml新写法-kotlintextView.background=shape{shape=RECTANGLEsolid{color=Color.parseColor("#f00000")}corners{radius=15f.dp}}xml里所有的属性都支持2.selector.xml的替代法旧写法-selector.xmlnormal.xmlpressed.xmlselector.xml新写法-kotlintextView.backgrou

是时候丢掉项目里Shape XML文件了

项目里的shape.xmlselector.xmllayer_list.xml文件太多啦想个办法替代吧:1.shape.xml的替代法旧写法-shape.xml新写法-kotlintextView.background=shape{shape=RECTANGLEsolid{color=Color.parseColor("#f00000")}corners{radius=15f.dp}}xml里所有的属性都支持2.selector.xml的替代法旧写法-selector.xmlnormal.xmlpressed.xmlselector.xml新写法-kotlintextView.backgrou

Android MaterialButton使用详解,告别shape、selector

效果前言先来看一下​​MaterialButton​​​是什么由上图可以看到​​​MaterialButton​​​也没有什么神秘的,不过是Button的一个子类而已,但是经过谷歌的封装之后,在符合​​MaterialDesign​​的基础上,使用起来更加方便了,且容易实现预期效果。使用引入material包implementation'com.google.android.material:material:1.2.1'常规android:layout_width="wrap_content"android:layout_height="wrap_content"android:text="