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limma包实现差异基因筛选

载入工作路径:安装limma包(这里用BiocManager安装的): 读取表达矩阵和分组信息:表达矩阵行为基因,列为样本。 构建分组矩阵和比较矩阵:线性拟合,会得到一个DEG文件,里面有logFC、P.Value值以及adj.P.Val值:根据标准进行筛选 :绘制火山图: 

转录组丨limma差异表达分析,绘制火山图和热图

limma差异表达分析本篇笔记的内容是在R语言中利用limma包进行差异表达分析,主要针对转录组测序得到的基因表达数据进行下游分析,并将分析结果可视化,绘制火山图和热图[TOC]基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步,不管哪种差异分析,其本质都是广义线性模型,limma也是广义线性模型的一种,其对每个gene的表达量拟合一个线性方程。limma包是2015年发表在NucleicAcidsResarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次,最流行的差异分析软件之一就是limma。环境部署与安装安装limma包if(!require("BiocManager",quietly=T