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生信log34|dbNSFP的phyloP30_score的来源-以提取hg38_phyloP30way.bw(bigwig)数据为例

dbNSFP数据库收录了PhyloP值的数据,并且是tsv格式的,为了对一下数据库,就去官网找了相关的数据,但是看了一圈并没有现成的tsv。看了一圈资料也没看出怎么得出dbNSFP里面的phyloP这个唯一值怎么来的。后面尝试了很多,才发现原来如此简单:就是把官网上的bw文件转成bedGraph文件即可,但是这个做法会把7.9G的数据拓展至50G左右,转换数据需慎重。1、工具准备及其用法下载ucsc上的工具bigWigToBedGraph(转换bigwig到bedGraphformat)下载bigWigToWig(非必需)#bigWigToBedGraphwgethttps://hgdownl

Elasticsearch(十三)搜索---搜索匹配功能④--Constant Score查询、Function Score查询

一、前言之前我们学习了布尔查询,知道了filter查询只在乎查询条件和文档的匹配程度,但不会根据匹配程度对文档进行打分,而对于must、should这两个布尔查询会对文档进行打分,那如果我想在查询的时候同时不去在乎文档的打分(对搜索结果的排序),只想过滤文本字段是否包含这个词,除了filter查询,我们还会介绍ConstantScore查询。相反,如果想干预这个分数,我们会使用FunctionScore查询,这些都会在后面介绍到。二、ConstantScore查询如果不想让检索词频率TF(TermFrequency)对搜索结果排序有影响,只想过滤某个文本字段是否包含某个词,可以使用Consta

通过案例实战详解elasticsearch自定义打分function_score的使用

前言elasticsearch给我们提供了很强大的搜索功能,但是有时候仅仅只用相关度打分是不够的,所以elasticsearch给我们提供了自定义打分函数function_score,本文结合简单案例详解function_score的使用方法,关于function-score-query的文档最权威的莫过于官方文档:function_score官方文档基本数据准备我们创建一张新闻表,包含如下字段:字段类型说明idLong新闻IDtitlestring标题tagsstring标签read_countlong阅读数like_countlong点赞数comment_countlong评论数rankd

Spark - AUC、Accuracy、Precision、Recall、F1-Score 理论与实战

一.引言推荐场景下需要使用上述指标评估离、在线模型效果,下面对各个指标做简单说明并通过spark程序全部搞定。二.指标含义1.TP、TN、FP、FN搜广推场景下最常见的就是Ctr2分类场景,对于真实值real和预测值pre分别有0和1两种可能,从而最终2x2产生4种可能性:-TP真正率对的预测对,即1预测为1,在图中体现为观察与预测均为Spring-FP假正率错的预测对,即0预测为1,在图中体现为NoSpring预测为Spring-FN 假负率对的预测错,即1预测为0,在图中体现为Spring预测为NoSpring-TN 真阴率错的预测错,即0预测为0,在图中体现为NoSpring预测为NoS

average_precision_score()函数----计算过程与原理详解

最近在复现论文时发现作者使用了sklearn.metrics库中的average_precision_score()函数用来对分类模型进行评价。看了很多博文都未明白其原理与作用,看了sklean官方文档也未明白,直至在google上找到这篇文章EvaluatingObjectDetectionModelsUsingMeanAveragePrecision(mAP),才恍然大悟,现作简单翻译与记录。文章目录从预测分数到类别标签(FromPredictionScoretoClassLabel)精确度-召回度曲线(Precision-RecallCurve)平均精度AP(AveragePrecisi

ios - com.apple.product-type.bundle.ui-testing,但是 'iphonesimulator' 平台没有这样的产品类型

我使用Xcode7Beta开发这个项目现在我切换到Xcode6.4所以我现在遇到了这个问题我试过clean,但是没用目标指定产品类型'com.apple.product-type.bundle.ui-testing',但'iphonesimulator'平台没有这样的产品类型 最佳答案 如果您不使用UI测试,您可以在项目的build设置中删除UITest目标。 关于ios-com.apple.product-type.bundle.ui-testing,但是'iphonesimulato

cocoa - Swift 构建失败 : target might include it's own product

有人遇到过这个问题吗?我正在尝试将现有的obj-c应用程序移植到Swift,在多次成功构建之后,该项目将不再构建并立即给出错误:无法运行命令“CompileSwiftnormal”——这个目标可能包含它自己的产品。连同许多其他“目标可能包括它自己的产品错误”。我尝试过的:检查目标依赖项:构建阶段中没有列出任何目标依赖项。我试过完全删除产品文件夹,并多次检查所有文件,但都没有成功。如果我简单地将Swift文件替换为旧的obj-c文件,它构建良好,完全没有错误。恢复到任何Swift修改之前的快照会导致正常构建,但即使我添加全新的Swift样板文件和桥接header,然后单击构建,它也会失败

【计算机视觉 | 目标检测】术语理解3:Precision、Recall、F1-score、mAP、IoU 和 AP

文章目录一、Precision、Recall和F1-score二、IoU三、mAP四、AP4.1定义4.2分类4.2.1APs4.2.2APr4.2.3两者之间的区别一、Precision、Recall和F1-score在图像目标检测中,常用的评估指标包括以下几项:精确率(Precision):也称为查准率,表示被分类为正类别的样本中真正为正类别的比例。计算公式为:Precision=TP/(TP+FP),其中TP是真正例(模型正确预测为正类别的样本数),FP是假正例(模型错误预测为正类别的样本数)。召回率(Recall):也称为查全率,表示真正为正类别的样本中被正确分类为正类别的比例。计算公

Java G1 : Monitoring for memory leaks in production

多年来,我们一直使用+UseParallelOldGC以适度的堆大小运行Java服务。现在,我们开始使用更大的堆和G1收集器推出一项新服务。进展顺利。对于我们使用+UseParallelOldGC的服务,我们通过在收集后查看老年代大小并根据阈值发出警报来监控内存泄漏。这非常有效,实际上两周前就拯救了我们的培根。具体来说,对于+UseParallelOldGC,我们执行以下操作:ManagementFactory.getMemoryPoolMXBeans()搜索名称以"OldGen"结尾的MemoryPoolMXBean结果比较getCollectionUsage().getUsed()

Elasticsearch 查询之Function Score Query

前言ES的主查询评分模式分为两种,是信息检索领域的重要算法:TF-IDF算法和BM25算法。Elasticsearch从版本5.0开始引入了BM25算法作为默认的文档评分(relevancescoring)算法。在此之前,Elasticsearch使用的是TF-IDF算法作为默认的文档评分算法。从版本5.0起,BM25算法取代了TF-IDF,成为了默认的算法,用于计算文档与查询之间的相关性得分。这个变化主要是为了更好地适应现代信息检索需求,BM25算法在一些情况下能够提供更准确的文档排序和检索结果。而FunctionScoreQuery不夸张的说是ES里面终极自定义打分的大招,非常的灵活并且功