接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目前网上关于人类基因组的已经比较多了，但是小鼠的我没咋找到，特别是biomart这个包我用的不熟练，绕了很多弯路，有点挠头。于是有了今天的文章，如何获取小鼠的基因长度。rm(list=ls())一键清空工作空间。listMarts()这个函数能够返回bioMRT可以连接的数据库列表，就是看看哪些数据库是能用的mart=useMart('ensembl')head(listDatasets(mart))dataset通过use
R语言绘图包系列：R语言绘图包01--优秀的拼图包patchworkR语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包03--火山图EnhancedVolcanoR语言绘图包04--GOplot：富集分析结果可视化R语言绘图包05--韦恩图的绘制：ggvenn和VennDiagramR语言绘图包06--基因表达相关性绘图corrplotR语言绘图包07--多集合可视化UpSetRR语言绘图包08--森林图的绘制：forestplotR语言绘图包09--序列分析图的绘制ggseqlogo0.简介circosplot可以展示不同实体之间的相互关系和彼此分享的一些共通之处，因此这种图表非常适合用来
本文首发于公众号：医学和生信笔记，完美观看体验请至公众号查看本文。文章目录系统聚类（层次聚类,Hierarchicalclustering）快速聚类（划分聚类,partitioningclustering）K-means聚类围绕中心点的划分PAM主要介绍使用R语言进行层次聚类、划分聚类（K均值聚类和PAM）。系统聚类（层次聚类,Hierarchicalclustering）使用nutrient数据集进行演示，这个数据集包含不同食物中的营养物质含量。#没安装flexclust包的需要先安装data(nutrient,package="flexclust")row.names(nutrient)t
当YOLOv5的训练P、R、mAP等指标为0时，通常有以下一些原因：数据集质量不佳：检查数据集中是否存在较大的类别不平衡或者太多的噪声。可能需要重新清理数据集以确保标签正确且具有可解释性。学习率过高或过低：首先尝试将学习率降低到一个更合适的水平，并考虑使用学习率调度程序来优化训练过程。模型过于简单：如果模型过于简单，则很难从样本中学习到有效的特征。考虑增加网络的深度和宽度，或使用更复杂的网络结构。训练时间太短：如果训练时间太短，则模型可能没有足够的时间来收敛到最佳状态。尝试在训练期间增加迭代次数并监视P、R、mAP等指标变化。预处理步骤出现问题：确保数据预处理流程正确，例如确保使用正确的缩放方
ParameterizedTypeparameterized=(ParameterizedType)List.class.getMethod("iterator").getGenericReturnType();Typeraw=parameterized.getRawType();ParameterizedType#getRawType()返回Type，而不是Class(虽然我知道java.lang.Class现在实现了Type)。getRawType()有充分的理由吗？未将其返回类型声明为Class?有没有getRawType()的极端情况？的结果可能不是Class?与j.l.r.T
ParameterizedTypeparameterized=(ParameterizedType)List.class.getMethod("iterator").getGenericReturnType();Typeraw=parameterized.getRawType();ParameterizedType#getRawType()返回Type，而不是Class(虽然我知道java.lang.Class现在实现了Type)。getRawType()有充分的理由吗？未将其返回类型声明为Class?有没有getRawType()的极端情况？的结果可能不是Class?与j.l.r.T
这个问题从我上午手贱更新了我电脑（拯救者Y7000p）的无线网卡驱动开始，折磨我一天了，现在我把过程和总结的方法记录下来希望对你们有用。 更新无线网卡驱动时过程没有任何问题。问题出在安装替换新旧版本后，我的WLAN和移动热点选项便消失了。（就是下面圈的这两个没了） 然后打开计算机管理就发现下图圈的这两个前面出现了一个黄色的感叹号（！像这样）。（其实本来我只有无线网卡的驱动出问题了，但是，看了网上的某些方法，又手贱，做了个网络重置。然后就一去不复返了，有线网卡和无线网卡的驱动都出问题了。）意味着一点上网的办法都没有。 这时候该怎么办好！重点来了！一、打开计算机管理，像图片这样
因素分解理论： 1919年统计学家沃伦·珀森斯(WarrenPersons)在他的论文《商业环境的指标》中首次提出了确定性因素分解(timeseriesdecomposition)思想。之后，该方法广泛应用于宏观经济领域时间序列的分析和预测。 珀森斯认为尽管不同的经济变量波动特征千变万化，因果关系的影响错综复杂，但所有的序列波动都可以归纳为受到如下四个因素的综合影响： (1)长期趋势(trend)。序列呈现出明显的长期递增或递减的变化规律。 (2)循环波动(circle)。序列呈现出从低到高，再从高到低的反复循环波动。循环周期可长可短，不一定是固定的。循环波动通
用R语言做逻辑回归回归的本质是建立一个模型用来预测，而逻辑回归的独特性在于，预测的结果是只能有两种，trueorfalse在R里面做逻辑回归也很简单，只需要构造好数据集，然后用glm函数(广义线性模型（generalizedlinearmodel）)建模即可,预测用predict函数。我这里简单讲一个例子，来自于加州大学洛杉矶分校的课程首先加载需要用的包library(ggplot2)##Warning:package'ggplot2'wasbuiltunderRversion3.1.3library(Rcpp)##Warning:package'Rcpp'wasbuiltunderRvers
前言：本文为个人学习笔记，为各大网站上的教学内容之综合整理，综合整理了①方差分析的基础知识、②方差分析（单因素方差分析、双因素方差分析）在Excel、SPSS、R语言中的操作），尽量标明出处。另因能力所限或有纰漏之处，故仅供参考，欢迎交流指正。基础知识基本概念指标：研究对象的某种特征指标因子：影响指标的各种因素水平：一般将因子控制在几个不同的状态上，每个状态称为因子的一个水平单因素试验：试验中只改变一个因子的水平，其他因子保持不变多因素试验：试验中改变多个因子的水平方差检验前提假设正态性：每组样本数据对应的总体应该服从正态分布方差齐性：每组样本数据对应的总体方差相等独立性：每组之间的值是相互独
