适用背景之前写了两篇博客（四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06和SCENIC/pySCENIC结果可视化2022-11-08）介绍SCENIC/pySCENIC的使用，最近在使用的时候遇到一些问题，因此这篇文章作为补充，如果看不懂本篇可以查看前两篇博客。补充内容主要有以下几点：1、小鼠的数据库构建2、从四步流程缩减到三步3、环境构建遇到的一些errors4、SCENIC版本的bugs小鼠的数据库构建之前的博客构建的是人的数据库，但博主最近分析需要用到小鼠的，因此需要构建一下新的数据库。正如之前博客写到的，其实构建这个数据库只需要替换3个文件，

接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目前网上关于人类基因组的已经比较多了，但是小鼠的我没咋找到，特别是biomart这个包我用的不熟练，绕了很多弯路，有点挠头。于是有了今天的文章，如何获取小鼠的基因长度。rm(list=ls())一键清空工作空间。listMarts()这个函数能够返回bioMRT可以连接的数据库列表，就是看看哪些数据库是能用的mart=useMart('ensembl')head(listDatasets(mart))dataset通过use