image.png方法来源于上面这篇文章，不得不说，这篇文章运用了非常多复杂的方法去阐述关注的科学问题，真不愧是出自Broadinstitute实验室的。我这里暂时只讲下文章中一种比较新颖的比较不同条件下亚群丰度变化的方法。首先我们先了解下Dirichlet-multinomialregression。让我们从数学层面开始：假设从正常组织取了samplei，正常组织本身包含了p种celltype，假设各种celltype出现的概率为Cellprobability,samplei中各种celltype出现的数目为Numberofcelltypesamplei中共有N个cell，全部细胞的总和就是
Plotscatterplotwhenvaluesarewronglypaired我正在尝试根据我使用dplyr的spread()函数创建的数据框创建一些相关图。当我使用扩展函数时，它在新数据框中创建了NA。这是有道理的，因为数据框在不同时间段具有不同参数的浓度值。以下是原始数据框的示例截图：当我使用扩展函数时，它给了我一个像这样的数据框(示例数据)：12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334structure(list(orgid=c("11NPSWRD","11NPSWRD","11NPSWRD","11NPSWR
plottingacurvilinearlineofbestfit在图表上绘制最佳拟合曲线的正确方法是什么？我试图提供一个回归模型作为线的参数-而不是特定点。在下面的模型中，正确的线应该是完美的拟合(因为数据中没有噪音)。如何从线性模型中绘制最佳拟合线？123456library(lattice)valsxyplot(x~y,data=vals)line(lm(x~y,data=vals))#doesntworkabline(vals$x,vals$y)#doesntwork您在绘图或最佳拟合曲线方面需要帮助吗？画线....由于某种原因，我尝试的语法不起作用(我发誓我在询问之前阅读了文档！)您
Plotscatterplotwhenvaluesarewronglypaired我正在尝试根据我使用dplyr的spread()函数创建的数据框创建一些相关图。当我使用扩展函数时，它在新数据框中创建了NA。这是有道理的，因为数据框在不同时间段具有不同参数的浓度值。以下是原始数据框的示例截图：当我使用扩展函数时，它给了我一个像这样的数据框(示例数据)：12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334structure(list(orgid=c("11NPSWRD","11NPSWRD","11NPSWRD","11NPSWR
plottingacurvilinearlineofbestfit在图表上绘制最佳拟合曲线的正确方法是什么？我试图提供一个回归模型作为线的参数-而不是特定点。在下面的模型中，正确的线应该是完美的拟合(因为数据中没有噪音)。如何从线性模型中绘制最佳拟合线？123456library(lattice)valsxyplot(x~y,data=vals)line(lm(x~y,data=vals))#doesntworkabline(vals$x,vals$y)#doesntwork您在绘图或最佳拟合曲线方面需要帮助吗？画线....由于某种原因，我尝试的语法不起作用(我发誓我在询问之前阅读了文档！)您
RegressionusingPYMC3我在这里发布了一个IPython笔记本http://nbviewer.ipython.org/gist/dartdog/9008026我通过标准StatsmodelsOLS工作，然后通过Pandas提供的数据与PYMC3类似，顺便说一句，这部分工作得很好。我看不到如何从PYMC3中获取更多标准参数？这些示例似乎只是使用OLS来绘制基本回归线。看来PYMC3模型数据应该可以给出回归线的参数了吧？除了可能的痕迹，即最高概率??线是什么？欢迎对Alpha、Beta和sigma的解释进行任何进一步的解释！另外如何使用PYMC3模型来估计y的未来值给定一个新的xi
RegressionusingPYMC3我在这里发布了一个IPython笔记本http://nbviewer.ipython.org/gist/dartdog/9008026我通过标准StatsmodelsOLS工作，然后通过Pandas提供的数据与PYMC3类似，顺便说一句，这部分工作得很好。我看不到如何从PYMC3中获取更多标准参数？这些示例似乎只是使用OLS来绘制基本回归线。看来PYMC3模型数据应该可以给出回归线的参数了吧？除了可能的痕迹，即最高概率??线是什么？欢迎对Alpha、Beta和sigma的解释进行任何进一步的解释！另外如何使用PYMC3模型来估计y的未来值给定一个新的xi
Whydoesmylmmodelnotshowalinearrelationshipbutdoesingeom_smooth?我试图建立一个线性模型来解释粒子浓度和荧光之间的关系。由于某种原因，我无法让模型使用lm来拟合数据，但它确实在ggplotgeom_smooth函数中工作。下面是对数荧光和对数粒子浓度的图...我用下面的代码做了一个模型123Calicurve.M1 na.action=na.exclude, data=Calicurve)但是，当我使用此模型来预测值并添加到我的绘图(在ggplot2中)时，它看起来不正确123456789101112131
Whydoesmylmmodelnotshowalinearrelationshipbutdoesingeom_smooth?我试图建立一个线性模型来解释粒子浓度和荧光之间的关系。由于某种原因，我无法让模型使用lm来拟合数据，但它确实在ggplotgeom_smooth函数中工作。下面是对数荧光和对数粒子浓度的图...我用下面的代码做了一个模型123Calicurve.M1 na.action=na.exclude, data=Calicurve)但是，当我使用此模型来预测值并添加到我的绘图(在ggplot2中)时，它看起来不正确123456789101112131
