我目前正在处理DNA序列数据，但遇到了一些性能障碍。我有两个查找字典/散列(作为RDD)，以DNA“单词”(短序列)作为键，索引位置列表作为值。一个用于较短的查询序列，另一个用于数据库序列。即使是非常非常大的序列，创建表的速度也非常快。下一步，我需要将它们配对并找到“命中”(每个常用词的索引位置对)。我首先加入查找词典，速度相当快。但是，我现在需要这些对，所以我必须进行两次平面映射，一次是从查询中扩展索引列表，第二次是从数据库中扩展索引列表。这并不理想，但我看不到另一种方法。至少它表现不错。此时的输出为:(query_index,(word_length,diagonal_offset
我有以下字符串"2017-03-3008:25:00CET"我想将其转换为datetimetz-aware对象。根据thisSOquestion,从python3.2开始，它可以只使用datetime模块来完成。此外，来自documentation,我明白了%z|UTCoffsetintheform+HHMMor-HHMM(emptystringiftheobjectisnaive).|(empty),+0000,-0400,+1030%Z|Timezonename(emptystringiftheobjectisnaive).|(empty),UTC,EST,CST所以我尝试以下da
根据python文档，Exception派生自BaseExceptions，我应该将它用于用户定义的异常。所以我有:classVisaIOError(Exception):def__init__(self,error_code):abbreviation,description=_completion_and_error_messages[error_code]Error.__init__(self,abbreviation+":"+description)self.error_code=error_code和raise(visa_exceptions.VisaIOError,stat
要为数据框添加前缀/后缀，我通常会执行以下操作。比如添加后缀'@',df=df.astype(str)+'@'这基本上为所有单元格值附加了一个'@'。我想知道如何去掉这个后缀。pandas.DataFrame类是否有直接从整个DataFrame中删除特定前缀/后缀字符的方法？我试过在使用rstrip('@')时遍历行(作为系列)，如下所示:forindexinrange(df.shape[0]):row=df.iloc[index]row=row.str.rstrip('@')现在，为了从这个系列中制作数据框，new_df=pd.DataFrame(columns=list(df))n
我有classA(object):def__init__(self):raiseNotImplementedError("A")classB(A):def__init__(self):....和pylint说__init__methodfrombaseclass'A'isnotcalled很明显，我不想做super(B,self).__init__()那我该怎么办？(我尝试了abc并得到了Undefinedvariable'abstractmethod'来自pylint，因此这也不是一个选项)。 最佳答案 忽略pylint。它只是一
在Gettingthingsgnome代码库中，我偶然发现了这个import语句fromGTGimport_不知道这是什么意思，在文档中从未见过这个，所以/谷歌快速搜索没有找到任何东西。 最佳答案 fromGTGimport_将_函数从GTG模块导入“当前”命名空间。通常，_函数是gettext.gettext()的别名。，一个显示给定消息的本地化版本的函数。该文档给出了一个很远很远的模块中其他地方通常发生的事情的图片:importgettextgettext.bindtextdomain('myapplication','/pat
如果我有一个SQLAlchemyORM查询:admin_users=Session.query(User).filter_by(is_admin=True)是否可以修改该查询返回的列？例如，我只能选择User.id列，并在子查询中使用它:admin_email_addresses=Session.query(EmailAddress)\.filter(EmailAddress.user_id.in_(admin_users.select_columns(User.id))注意:.values()方法将不起作用，因为它执行查询并返回可迭代的结果(例如，EmailAddress.user_
我正在尝试使用netcdf4-python从netcdf4文件中读取数据切片。这是第一次使用python，我遇到了内存问题。下面是代码的简化版本。在循环的每次迭代中，内存跳转相当于我读取的数据片。如何在遍历每个变量时清理内存？#!/usr/bin/envpythonfromnetCDF4importDatasetimportosimportsysimportpsutilprocess=psutil.Process(os.getpid())defprint_memory_usage():nr_mbytes=process.get_memory_info()[0]/1048576.0sys
阅读GAENDB数据存储的新文档:https://cloud.google.com/appengine/docs/python/ndb/modelclass#class_methodsget_by_id(id,parent=None,app=None,namespace=None,**ctx_options)ReturnsanentitybyID.ThisisreallyjustashorthandforKey(cls,id).get().ArgumentsidAstringorintegerkeyID.parentParentkeyofthemodeltoget.app(keywor
我有python3.7.1和scipy版本:1.3.0。调用auto_arima时出现错误:“无法从‘scipy.misc’导入名称‘factorial’”只是这个基本的导入导致了这个问题:-“从pmdarima.arima导入auto_arima”我试过重新安装scipy，没有用 最佳答案 函数factorial已从scipy.misc移至scipy.special。scipy.misc中的版本已经弃用了一段时间，并在scipy1.3.0中被删除。pmdarima或其依赖项之一仍在使用名称scipy.misc.factorial。
