关于“数据的维度”(dims参数)的选择完成PCA之后，我们获得了该数据集的所有主成分（PCs）信息，但是如何决定纳入多少个主成分进行下游分析呢？主要参考以下方法：热图DimHeatmap(pbmc,dims=1:15,cells=500,balanced=TRUE)image.png如上图所示，可以看出前15个主成分可以把细胞分成差异明显的两群，说明前15个主成分中含有的显著的差异基因更多，主成分也就更有意义，所以下游分析可以纳入前15个PCs。碎石图ElbowplotElbowPlot(pbmc)通过碎石图可以看出每个PC对变异的贡献情况，从上图可以看出9~10PC以后逐渐趋于稳定（噪声主

关于“数据的维度”(dims参数)的选择完成PCA之后，我们获得了该数据集的所有主成分（PCs）信息，但是如何决定纳入多少个主成分进行下游分析呢？主要参考以下方法：热图DimHeatmap(pbmc,dims=1:15,cells=500,balanced=TRUE)image.png如上图所示，可以看出前15个主成分可以把细胞分成差异明显的两群，说明前15个主成分中含有的显著的差异基因更多，主成分也就更有意义，所以下游分析可以纳入前15个PCs。碎石图ElbowplotElbowPlot(pbmc)通过碎石图可以看出每个PC对变异的贡献情况，从上图可以看出9~10PC以后逐渐趋于稳定（噪声主