技术背景博主对前端技术不甚了解，只是想在博客中直接展示一些已有的分子结构，而且需要是可以交互的。而我们了解到通过3Dmol这样的前端工具可以实现，通过在博客园随笔中直接引入3Dmol的js最新脚本，然后在当前页构建一个容器，最后在容器中以字符串的形式填进去分子结构，比如可以填充一个xyz文件所定义的3D分子结构。由于不需要安装什么特定的软件（假设你已经生成好了一系列的分子模型用于展示，否则可以参考前面这篇博客用openbabel去生成一些特定的分子结构），我们直接上前端代码吧。解决方案解决方案主要参考了参考链接1文章中的内容，非常简单，只需三步走。首先，我们直接在Markdown模式的编辑器下
技术背景博主对前端技术不甚了解，只是想在博客中直接展示一些已有的分子结构，而且需要是可以交互的。而我们了解到通过3Dmol这样的前端工具可以实现，通过在博客园随笔中直接引入3Dmol的js最新脚本，然后在当前页构建一个容器，最后在容器中以字符串的形式填进去分子结构，比如可以填充一个xyz文件所定义的3D分子结构。由于不需要安装什么特定的软件（假设你已经生成好了一系列的分子模型用于展示，否则可以参考前面这篇博客用openbabel去生成一些特定的分子结构），我们直接上前端代码吧。解决方案解决方案主要参考了参考链接1文章中的内容，非常简单，只需三步走。首先，我们直接在Markdown模式的编辑器下
技术背景在前面的一篇文章中，我们讲述了蛋白质的组成结构，一共是20种氨基酸。由这20种氨基酸的排列组合，可以得到一条相应的蛋白质链，而这条蛋白质链经过各种螺旋和折叠，会得到一个最终稳定的蛋白质构象，也是我们日常生活中所能够接触到的蛋白质的存在形态。那么在上一篇文章中的表格里面，我们可以看到众多的氨基酸在蛋白质链的中间时候的构象，本文将要讲述一些其他位置所对应的构象，以及其中原子的命名法则。同残基不同位置的构象即使是同一个残基，在位于蛋白质链的不同位置时，也有可能表现出不同的构象。比如在蛋白质的头部时，有可能会出现一些氢离子跟氮原子的成键。而残基位于蛋白质链的中部时，我们往往会略去其中的一个\(
技术背景在前面的一篇文章中，我们讲述了蛋白质的组成结构，一共是20种氨基酸。由这20种氨基酸的排列组合，可以得到一条相应的蛋白质链，而这条蛋白质链经过各种螺旋和折叠，会得到一个最终稳定的蛋白质构象，也是我们日常生活中所能够接触到的蛋白质的存在形态。那么在上一篇文章中的表格里面，我们可以看到众多的氨基酸在蛋白质链的中间时候的构象，本文将要讲述一些其他位置所对应的构象，以及其中原子的命名法则。同残基不同位置的构象即使是同一个残基，在位于蛋白质链的不同位置时，也有可能表现出不同的构象。比如在蛋白质的头部时，有可能会出现一些氢离子跟氮原子的成键。而残基位于蛋白质链的中部时，我们往往会略去其中的一个\(
技术背景在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式，大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣，明文存储可读性较好，二进制文件压缩率较好，不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索，因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域，在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后，发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件，其原因主要有：层级结构
技术背景在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式，大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣，明文存储可读性较好，二进制文件压缩率较好，不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索，因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域，在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后，发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件，其原因主要有：层级结构
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positiveselection),网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只介绍了过程，读完之后，是能够做相应的分析了，但却不知道为什么要这样子做，这篇教程就做这一方面的补充。我们应该知道组成蛋白序列的氨基酸对应的核苷酸突变可以分为两类，同义置换(synonymoussubstitution)和非同义置换(nonsynonymoussubstitution),通过计算非同一置换速率和同义置换速率的比值,omega=dN/dS,我们可以衡量蛋白的选择压力。如果选择不影响物种适应环境，那么比值两者的速率应
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positiveselection),网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只介绍了过程，读完之后，是能够做相应的分析了，但却不知道为什么要这样子做，这篇教程就做这一方面的补充。我们应该知道组成蛋白序列的氨基酸对应的核苷酸突变可以分为两类，同义置换(synonymoussubstitution)和非同义置换(nonsynonymoussubstitution),通过计算非同一置换速率和同义置换速率的比值,omega=dN/dS,我们可以衡量蛋白的选择压力。如果选择不影响物种适应环境，那么比值两者的速率应
