许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positiveselection),网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只介绍了过程，读完之后，是能够做相应的分析了，但却不知道为什么要这样子做，这篇教程就做这一方面的补充。我们应该知道组成蛋白序列的氨基酸对应的核苷酸突变可以分为两类，同义置换(synonymoussubstitution)和非同义置换(nonsynonymoussubstitution),通过计算非同一置换速率和同义置换速率的比值,omega=dN/dS,我们可以衡量蛋白的选择压力。如果选择不影响物种适应环境，那么比值两者的速率应

许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positiveselection),网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只介绍了过程，读完之后，是能够做相应的分析了，但却不知道为什么要这样子做，这篇教程就做这一方面的补充。我们应该知道组成蛋白序列的氨基酸对应的核苷酸突变可以分为两类，同义置换(synonymoussubstitution)和非同义置换(nonsynonymoussubstitution),通过计算非同一置换速率和同义置换速率的比值,omega=dN/dS,我们可以衡量蛋白的选择压力。如果选择不影响物种适应环境，那么比值两者的速率应