1.简介本节内容主要是介绍图像分割中常用指标的定义、公式和代码。常用的指标有Dice、Jaccard、HausdorffDistance、IOU以及科研作图-Accuracy,F1,Precision,Sensitive中已经介绍的像素准确率等指标。在每个指标介绍时，会使用编写相关代码，以及使用MedPy这个Python库进行代码的调用。2.常用指标介绍2.1DiceDice系数是一种集合相似度度量函数，通常用来计算两个样本的相似度，它的直观图形表示如下图所示。根据图像，可得出Dice的计算公式为：其中A与B分表代表着预测标签和真实标签的集合，Dice的范围也在0到1。而对于分割训练中的Dic
之前给大家写过一篇plot的基础操作，相信同学们应该没有看过瘾。不过主流的用的多的还是ggplot2，所以今天打算结合一个形成APA样板格式图片的实例写写ggplot2的操作和图的配色。关于APA格式大家可以去到美国心理学会的官网，就可以看到APA格式的详细介绍了：[图片上传失败...(image-d489d9-1657458632167)]包括论文模板、引注规则等等，内容可以说很丰富了，对于社科类学生，不会写论文的，这个网站就是金标准啦，强烈推荐下。不过我们今天关注的是里面的figure的标准，点开主页的TablesandFigures我们进入到下一个界面：[图片上传失败...(image-
论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.pdf代码链接https://zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzichttps://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/
论文Chromosome-levelassembliesofmultipleArabidopsisgenomesrevealhotspotsofrearrangementswithalteredevolutionarydynamicshttps://www.nature.com/articles/s41467-020-14779-y拟南芥NC_panGenome.pdf分析代码的github主页https://github.com/schneebergerlab/AMPRIL-genomes论文中组装了7个拟南芥的基因组，做了一些泛基因组相关的分析，数据和大部分代码都公开了，我们试着复现一下其
论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure4dFigure4e散点图和箱线图image.png箱线图示例数据集image.png作图代码library(readxl)dat01p1p1image.png散点图作图代码dat02p2p2image.png拼图
论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论文中的Fig1a散点图image.png散点图背后的圆圈暂时搞不懂是怎么做的，ggplot2里有一个函数geom_contour()应该可以实现，但是暂时没有搞清楚怎么使用两个图我采用拼图的形式来实现
论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1代码链接https://github.com/msdueholm/MiDAS4今天的推文我们重复
复杂散点图从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝对是高质量！还不赶紧点赞+在看，学起来！参考文献本期分享的是NatureCommunications上一篇关于机器学习的文章中的散点图。这个散点图的亮点在于充分利用了散点的填充和描边属性，将两者与图形要表达的意义相结合，另外再加上散点的大小属性，使得这个图非常的美观且内涵丰富。内容很充实，记得点赞哦！话不多说，直接上图！示例数据和代码获取跟着NatureMedicine学作图--复杂散点图读图原图这个散点图的亮点在于充分利用了散点的填充和描边
跟着NatureCommunication学作图|百分比堆积柱状图+卡方检验stack_barplot.jpg今天我们复现一幅2021年6月发表在naturecommunications上的热图。Title：MoleculardeterminantsofresponsetoPD-L1blockadeacrosstumortypesDOI：https://doi.org/10.1038/s41467-021-24112-w之前复现过的堆积柱状图：跟着NatCommun学作图|3.物种丰度堆积柱状图R绘图|圆角堆叠柱状图(ggchicklet)22本期图片NC_stack_barplot.png结
论文Ahighlyconservedcorebacterialmicrobiotawithnitrogen-fixationcapacityinhabitsthexylemsapinmaizeplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w本地pdfs41467-022-31113-w.pdf数据代码链接https://github.com/PlantNutrition/Liyu今天的推文我们重复一下论文中的Figure2fimage.png这个图怎们看，然后表达的是什么含义，我暂时还想不明白，论文中给的图注是Ternaryplo
