上期“干货预警——原来基因功能富集分析这么简单！”和“【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用Rggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。本期介绍使用RclusterProfiler包和RAnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化。GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择，使用RclusterProfiler包对基因进行富集，需要导入目的基因（前景基因）相对应物种的参考基因组（背景基因），现阶段“biocon
本文介绍利用Python语言，实现基于遗传算法（GA）的地图四色原理着色操作。1任务需求 首先，我们来明确一下本文所需实现的需求。 现有一个由多个小图斑组成的矢量图层，如下图所示。 我们需要找到一种由4种颜色组成的配色方案，对该矢量图层各图斑进行着色，使得各相邻小图斑间的颜色不一致，如下图所示。 在这里，我们用到了四色定理（FourColorTheorem），又称四色地图定理（FourColorMapTheorem）：如果在平面上存在一些邻接的有限区域，则至多仅用四种颜色来给这些不同的区域染色，就可以使得每两个邻接区域染的颜色都不一样。2代码实现 明确了需求，我们就可以开始具体的
本文介绍利用Python语言，实现基于遗传算法（GA）的地图四色原理着色操作。1任务需求 首先，我们来明确一下本文所需实现的需求。 现有一个由多个小图斑组成的矢量图层，如下图所示。 我们需要找到一种由4种颜色组成的配色方案，对该矢量图层各图斑进行着色，使得各相邻小图斑间的颜色不一致，如下图所示。 在这里，我们用到了四色定理（FourColorTheorem），又称四色地图定理（FourColorMapTheorem）：如果在平面上存在一些邻接的有限区域，则至多仅用四种颜色来给这些不同的区域染色，就可以使得每两个邻接区域染的颜色都不一样。2代码实现 明确了需求，我们就可以开始具体的
开源地址https://github.com/miso-lims/miso-limsgithub加速可使用：https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims项目简介适用于NGS基因测序医院检验实验室，当前大量的新冠核酸检测机构，倒是可以试一试。开源协议是GPL3.0。MISO是ManagingInformationforSequencingOperations的缩写，是适用于基因测试实验室的LIMS。由EarlhamInstitute和OntarioInstituteforCancerRese
开源地址https://github.com/miso-lims/miso-limsgithub加速可使用：https://kfqbvpat.fast-github.tk/-----https://github.com/miso-lims/miso-lims项目简介适用于NGS基因测序医院检验实验室，当前大量的新冠核酸检测机构，倒是可以试一试。开源协议是GPL3.0。MISO是ManagingInformationforSequencingOperations的缩写，是适用于基因测试实验室的LIMS。由EarlhamInstitute和OntarioInstituteforCancerRese
开源Python和命令行程序gget可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。gget与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然gget模块的灵感来自于繁琐的单细胞RNA-seq数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。 可以通过运行“pipinstallgget”从命令行安装gget。下图描述了每个gget工具的一个用例和相应的输出。每个gget工具都有一个详尽的手册，可作为Python环境中的函数文档或在命令行中使用帮助标志[-h]作为标准输出。 gget工具地址
开源Python和命令行程序gget可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。gget与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然gget模块的灵感来自于繁琐的单细胞RNA-seq数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。 可以通过运行“pipinstallgget”从命令行安装gget。下图描述了每个gget工具的一个用例和相应的输出。每个gget工具都有一个详尽的手册，可作为Python环境中的函数文档或在命令行中使用帮助标志[-h]作为标准输出。 gget工具地址
看我不如看【参考】参考：WGDI|https://github.com/SunPengChuan/wgdiWGDI|https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/Introduction.htmlbilibili|WGDI的简单使用（一）bilibili|WGDI的简单使用（二）简书|xuzhougeng|如何用WGDI进行共线性分析(上)简书|xuzhougeng|如何用WGDI进行共线性分析(中)简书|xuzhougeng|如何用WGDI进行共线性分析(下)简书|xuzhougeng|WGDI之深入理解blockinfo输出结果简书|xuzhougeng|使用
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准备基因名称信息基因名称编写脚本catgene.txt|whilereadiddogrep${id}pb_pav.tsv>>gene_pav.txtdone没有得到结果文件，使用cat-v命令查看文件格式，发现结尾有^M的标记编码问题dos2unix是将Windows格式文件转换为Unix、Linux格式的实用命令。Windows格式文件的换行符为\r\n,而Unix&Linux文件的换行符为\n.dos2unix命令其实就是将文件中的\r\n转换为\n。而unix2dos则是和dos2unix互为孪生的一个命令，它是将Linux&Unix格式文件转换为Windows格式文件的命令。感谢梁同学
