目录从一篇文章入手（基于多模态深度学习的泛癌症整合组织-基因组分析）PosthocExplainabilityLocal explanations. V.s. GlobalExplanations Evaluation用于千兆像素整张幻灯片图像生存预测的多模态共同注意转换器(MCAT)1.目的2.挑战解决：贡献：方法：PathomicFusion:AnIntegratedFrameworkforFusingHistopathologyandGenomicFeaturesforDiagnosisandPrognosis1.background&motivation 编辑2.研究现状（用于肿
参考教程：https://cloud.tencent.com/developer/article/1054625http://www.360doc.com/content/21/0714/12/76149697_986499282.shtmlhttp://www.bio-info-trainee.com/2163.html一、统计基本覆盖信息首先在linux里面运行：samtoolsmpileup-f/data/zds209/database/cellranger/refdata-gex-GRCh38-2020-A/fasta/genome.fa/data/zds209/ssresult/ba
论文https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?login=falseppsPCP:aplantpresence/absencevariantsscannerandpan-genomeconstructionpipelinegithub主页https://github.com/Zhuxitong/ppsPCP/tree/v1.0依赖软件mummerblastbedtoolsblatgffreadBio::Perl这几个都可以用conda直接安装，但是mummer我这边conda还是3.几的版本，所以后续使
我有几个mxn的基因表达数据矩阵，我想将它们存储在MySQL中。m大约有30,000个基因(可唯一识别)n大约是3,000个样本(大部分是唯一可识别的)我不确定存储这些数据的最佳方式是什么。我最初将矩阵直接读入MySQL表中，但后来有人告诉我这不是做事的好方法，因为列(样本)的数量是可变的。我无法转置矩阵并以这种方式存储它们，因为在创建列时，存在的基因数量超出了MySQL允许的数量。后来有人告诉我，“连接表”可能是实现此目的的更好方法。然而，在观看了几个关于这些的YouTube视频后，我还是一无所知。我也搜索过谷歌，似乎没有关于使用连接表在MySQL中存储基因表达数据的教程。那么，有人
背景介绍mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。软件安装这次没法无脑conda了，得从源码开始编译。就当忆苦思甜吧，见识一下如果没有conda加持，软件安装是一个什么样的过程。不过mecat2的安装已经是比较新手友好型的了。gitclonehttps://github.com/xiaochuanle/MECAT2.gitcdMECAT2make记得把MECAT/Linux-amd64/bin的路径加入环境变量以便全局调用哦。软件运行1.生成输入文件把多个测序文件的存储路径写入fas
文章：Accuratereconstructionofbacterialpan-andcoregenomeswithPEPPAN.GenomeRes.2020引用：5GITHUB:https://github.com/zheminzhou/PEPPANcondapip3安装condacreate-npeppancondaactivatepeppan#dependencycondaconfig--addchannelsdefaultscondaconfig--addchannelsconda-forgecondaconfig--addchannelsbiocondacondainstallpyt
看病就医，拍片已是常例。CT、核磁、X光等影像资料可以用非侵入式手段透过人体，使内部器官、组织状况清晰可见，为临床诊断和疾病治疗提供可靠依据。随着医学影像技术广泛发展，影像资料已占据国内医疗数据的80%以上，影像科医生供不应求、各级医院诊断结果存在差异、医疗资源分配不均等痛点也日益凸显。AI结合医学影像具有非常大的想象空间，感觉认知及深度学习技术在识别医疗影像诊断结果方面拥有人类无可比拟的优势，可辅助医生降低误诊率、提高工作效率。然而，高质量的AI算法需要足够大且有代表性的图像数据集，这些医疗图像又往往涉及大量敏感隐私信息，加上各级医院之间存在「数据孤岛」，不完整的共享系统使得医疗影像AI的可
sudoapt-getinstallzlib1gzlib1g.devlibblas3libgfortran5liblapack3libquadmath0plink1.9unzipsudoaptinstalldirmngrgnupgapt-transport-httpsca-certificatessoftware-properties-commonsudoaptinstallr-base1.获取或者生成基础数据（basedata）PolygenicRiskScore(PRS)分析第一步就是获得基础数据（即GWAS统计分析结果），应该包含了与性状相关的所有等位基因信息及对应效应贡献.CHR:Th
日常瞎掰 工欲善其事必先利其器，好用的工具对做事来说很重要，可以让你做起事来收到事半功倍的效果。前段时间分析数据时，需要给intervals做基因注释，需要操作gtf文件，最后发现一款非常好用的python包—pyranges。该包可以很轻松地将bed、gtf、gff3等格式文件读取为PyRanges对象，该对象有点类似潘大师的DataFrame，熟悉潘大师的同学应该能体会到DataFrame操作数据的快乐。同样，皮软杰斯内置操作intervals的方法也绝对能给你带来无语伦比的畅快。废话不多说，下面来感受一下使用皮软杰斯做注释基因有多方便。读取文件 read_bed方法可以用来读取bed
Howcanigetcontigfilefromthescaffoldfile(scaffoldwasgeneratedfromCLC).Isthereanyconverterorprogramme?Ex:Thisismyscaffold:ACTGTGCATNNNNNNACGCTGCAandIwantthecontigfilefromscaffoldlike:Contig1-ACTGTGCAandContig2-ACGCTGCA方法1：perl脚本方法2：trywithFASTA/QtoolkitSeqKitandshellcommands.catseqs.fa\|seqkitfx2tab\|
