上期“干货预警——原来基因功能富集分析这么简单！”和“【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用Rggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。本期介绍使用RclusterProfiler包和RAnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作以及结果可视化。GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择，使用RclusterProfiler包对基因进行富集，需要导入目的基因（前景基因）相对应物种的参考基因组（背景基因），现阶段“biocon
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本教程问题：1.mmGO.rdata文件的制作，是否不需要这一步，更改一下脚本即可实现呢？2.这样的图形美化，目前的图还不是很满意，需要进行美化。这些问题，需要我们大家一起解决，切分享哦！一、前言我们在做组学时，常常遇到多多个处理进行差异分析，获得差异基因或差异代谢物。此后，是对这些差异结果进行GO或KEGG富集分析。这是一个很普遍的结果，但是这样一弄后，我们对多个组合差异基因进行富集分析后，获得多个GO或KEGG富集分析结果，图很多，但是重复的term也是很多，那如何阐述就是个问题，以及很多图列在论文中也不是很美观，只能间部分图放在附件中。那么，我们是不是可以间多个GO或KEGG的term进
本教程问题：1.mmGO.rdata文件的制作，是否不需要这一步，更改一下脚本即可实现呢？2.这样的图形美化，目前的图还不是很满意，需要进行美化。这些问题，需要我们大家一起解决，切分享哦！一、前言我们在做组学时，常常遇到多多个处理进行差异分析，获得差异基因或差异代谢物。此后，是对这些差异结果进行GO或KEGG富集分析。这是一个很普遍的结果，但是这样一弄后，我们对多个组合差异基因进行富集分析后，获得多个GO或KEGG富集分析结果，图很多，但是重复的term也是很多，那如何阐述就是个问题，以及很多图列在论文中也不是很美观，只能间部分图放在附件中。那么，我们是不是可以间多个GO或KEGG的term进
这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway名称，跟平常做的富集分析很不一样。把图里面的二级注释换成具体的pathway会更好。另外，这个图中横坐标是基因数，但我觉得在富集分析中这个数值并不重要（基因ratio比单个数值重要），我们可以换成p值
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往期回顾B站中只有视频课程，代码部分整理在往期推送之中：手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化其他单细胞相关技术贴也在这里：细胞的数量由誰决定？答读者问（三）单细胞测序前景答读者问（四）：如何分析细胞亚群答读者问（六）、Seurat中如何让细胞听你指挥单细胞中应该如何做GSVA？如果这期视频看不懂，你可能需要看看这些：上一讲
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一、KEGG数据下载1、先进入官网：https://www.kegg.jp/image.png2、进入KO(KEGGORTHOLOGY)Databaseimage.png3、点击此处选择物种image.png4、此处以斑马鱼为例，所以选择dreimage.png5、下载json文件到本地image.png二、json文件的处理importjsonimportreK_ko_dict={}withopen(json,"r")asf:K_ko_file_content=json.load(f)forchildren_infoinK_ko_file_content.get("children"):fo
一、KEGG数据下载1、先进入官网：https://www.kegg.jp/image.png2、进入KO(KEGGORTHOLOGY)Databaseimage.png3、点击此处选择物种image.png4、此处以斑马鱼为例，所以选择dreimage.png5、下载json文件到本地image.png二、json文件的处理importjsonimportreK_ko_dict={}withopen(json,"r")asf:K_ko_file_content=json.load(f)forchildren_infoinK_ko_file_content.get("children"):fo
