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手把手教你做单细胞测序数据分析(七)—— 基因集富集分析

Biomamba生信基地 2023-03-28 原文

往期回顾B站中只有视频课程,代码部分整理在往期推送之中:

手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取

手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释

手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化

其他单细胞相关技术贴也在这里:

细胞的数量由誰决定?

答读者问(三)单细胞测序前景

答读者问(四):如何分析细胞亚群

答读者问(六)、Seurat中如何让细胞听你指挥

单细胞中应该如何做GSVA?




如果这期视频看不懂,你可能需要看看这些:

上一讲中我们已经教会了大家如何对多样本的数据做差异分析,拿到差异基因列表。通常情况下差异基因数量是非常多的,显然拿着这么长的list直接撰文是不科学的。这时就需要我们利用一定的“先验”通路,去评估我们获得的差异基因集,从而帮助大家更好的了解自己手中的数据,解释好数据背后的生物学意义,向文章迈进!

在线做富集分析DAVID:

https://david.ncifcrf.gov/当然,我不是很推荐这种,原因在这里:

都2022年了,还在用DAVID?

PPI同样有这个功能,视频里我们也演示了:

String:不仅仅是一个PPI分析平台

如果你想使用clusterProfiler又不想写代码:

老俊俊的生信笔记(公众号)

clusterProfiler 的 shiny 版上线了!

http://139.186.136.72:3838/Enrichtool2.3/

GSVA不用再多说了吧,花很多篇幅说过了:

文献阅读系列(九)、一文了解GSVA原理

三行搞定GSVA分析

一文搞定GSVA及下游分析的代码实现

单细胞中应该如何做GSVA?

GSEA的内容也是更过的:

答读者问 (一)单基因究竟能否进行GSEA



正餐

保姆级教程 《手把手教你做单细胞测序数据分析》(七)—— 基因集富集分析

(B站同步播出,先看一遍视频再跟着代码一起操作,建议每个视频至少看三遍)



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