写在前面那天夏老师突然给我了一个电话，大体是提了这么一个想法，亦即，「BLASTZone」挺好的，但如果可以加上「OneStepMLTree」似乎就更好了。当然，这个事情其实不是没想过。主要还是涉及到一个多库检索，路径解决以及一些调整起来相对麻烦的事情。于是也就不了了之了。不过，今晚我还是花了时间，把这个功能实现了。至于为什么？因为心情确实不好，今天一天心情都不怎样。来来去去，也只能谢谢代码来放松下子了。回到主题，其实，这个功能，似乎不需要说明。BLAST+建树随后，等就完事了。注意到，其中可以指定使用BLAST结果的前多少个序列拿来建树，大体如下多条序列当然，我们可以输入多条序列，BLAST
写在前面那天夏老师突然给我了一个电话，大体是提了这么一个想法，亦即，「BLASTZone」挺好的，但如果可以加上「OneStepMLTree」似乎就更好了。当然，这个事情其实不是没想过。主要还是涉及到一个多库检索，路径解决以及一些调整起来相对麻烦的事情。于是也就不了了之了。不过，今晚我还是花了时间，把这个功能实现了。至于为什么？因为心情确实不好，今天一天心情都不怎样。来来去去，也只能谢谢代码来放松下子了。回到主题，其实，这个功能，似乎不需要说明。BLAST+建树随后，等就完事了。注意到，其中可以指定使用BLAST结果的前多少个序列拿来建树，大体如下多条序列当然，我们可以输入多条序列，BLAST
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positiveselection),网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只介绍了过程，读完之后，是能够做相应的分析了，但却不知道为什么要这样子做，这篇教程就做这一方面的补充。我们应该知道组成蛋白序列的氨基酸对应的核苷酸突变可以分为两类，同义置换(synonymoussubstitution)和非同义置换(nonsynonymoussubstitution),通过计算非同一置换速率和同义置换速率的比值,omega=dN/dS,我们可以衡量蛋白的选择压力。如果选择不影响物种适应环境，那么比值两者的速率应
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positiveselection),网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只介绍了过程，读完之后，是能够做相应的分析了，但却不知道为什么要这样子做，这篇教程就做这一方面的补充。我们应该知道组成蛋白序列的氨基酸对应的核苷酸突变可以分为两类，同义置换(synonymoussubstitution)和非同义置换(nonsynonymoussubstitution),通过计算非同一置换速率和同义置换速率的比值,omega=dN/dS,我们可以衡量蛋白的选择压力。如果选择不影响物种适应环境，那么比值两者的速率应
R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据，开发的ggtreeExtra包提供了一个函数，geom_fruit用于将图形与树对齐，相关图表将在树的外部面板的不同位置对齐。还开发geom_fruit_list在树的同一个外部面板上添加多个层。一些函数基于ggplot2并支持使用图形语法。绘图示例1、下载安装ggtreeExtra包if(!requireNamespace("remotes",qu
R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据，开发的ggtreeExtra包提供了一个函数，geom_fruit用于将图形与树对齐，相关图表将在树的外部面板的不同位置对齐。还开发geom_fruit_list在树的同一个外部面板上添加多个层。一些函数基于ggplot2并支持使用图形语法。绘图示例1、下载安装ggtreeExtra包if(!requireNamespace("remotes",qu
一、基本操作1.使用界面可以注册后使用，点击upload即可上传树文件2.基本操作右侧controls负责对进化树进行修改：imagebasic：主要负责修改树的造型、分支、标签，还有标签的字体、字号是否加粗等advance：主要负责展示bootstrap的特征iTOL最好用的一个功能是能修改局部的label和leaf当我们鼠标悬停在某个位置时，我们可到这个局部数据的信息imageimage鼠标点击即可修改局部node的属性，比如我改一下颜色和风格，可以看到局部的node被改为红色虚线，局部的label也可以更改image在选好节点后，再点击color>newcolorrange,我们可以把一
一、基本操作1.使用界面可以注册后使用，点击upload即可上传树文件2.基本操作右侧controls负责对进化树进行修改：imagebasic：主要负责修改树的造型、分支、标签，还有标签的字体、字号是否加粗等advance：主要负责展示bootstrap的特征iTOL最好用的一个功能是能修改局部的label和leaf当我们鼠标悬停在某个位置时，我们可到这个局部数据的信息imageimage鼠标点击即可修改局部node的属性，比如我改一下颜色和风格，可以看到局部的node被改为红色虚线，局部的label也可以更改image在选好节点后，再点击color>newcolorrange,我们可以把一
过去的一年见证了人类百年不遇的大事记，也见证了多种视频应用的厚积薄发。而因此所带来的视频数据量的爆发式增长更加加剧了对高效编解码这样的底层硬核技术的急迫需求。新视频编解码标准VVC定稿不久之后，阿里巴巴的视频团队开始全力投入开展VVC软件编解码的开发工作。在LiveVideoStackCon2021北京峰会，阿里巴巴研究员，阿里云智能云视频标准与实现负责人叶琰老师展开分享视频业界现状、Ali266自研VVC编解码器的技术演进史和业务展望、以及视频业界所面临的未来机遇和挑战。文|叶琰整理|LiveVideoStack大家好，我是叶琰，我是阿里云智能视频标准与实现团队负责人。本次分享的话题是编解码
