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手把手教你做单细胞测序数据分析(七)—— 基因集富集分析

往期回顾B站中只有视频课程,代码部分整理在往期推送之中:手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化其他单细胞相关技术贴也在这里:细胞的数量由誰决定?答读者问(三)单细胞测序前景答读者问(四):如何分析细胞亚群答读者问(六)、Seurat中如何让细胞听你指挥单细胞中应该如何做GSVA?如果这期视频看不懂,你可能需要看看这些:上一讲

手把手教你做单细胞测序数据分析(七)—— 基因集富集分析

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关于循环:基于另一个数据帧中的字符串,在 R 中的列表中子集多个数据帧

SubsettingmultipledataframeswithinlistinRbasedonstringsinanotherdataframe我正在尝试根据包含在另一个数据帧中的字符串对列表中包含的多个数据帧进行子集化。1234567list.df df.1=data.frame(LM=c(1:10),LS=c(1:10),PL=c(1:10)), df.2=data.frame(XY=c(1:10),FE=c(4:13),OI=c(1:10)), df.3=data.frame(IL=c(1:10),KU=c(9:18),TS=c(1:10)))df.4 df.3=c("IL","KU"

关于循环:基于另一个数据帧中的字符串,在 R 中的列表中子集多个数据帧

SubsettingmultipledataframeswithinlistinRbasedonstringsinanotherdataframe我正在尝试根据包含在另一个数据帧中的字符串对列表中包含的多个数据帧进行子集化。1234567list.df df.1=data.frame(LM=c(1:10),LS=c(1:10),PL=c(1:10)), df.2=data.frame(XY=c(1:10),FE=c(4:13),OI=c(1:10)), df.3=data.frame(IL=c(1:10),KU=c(9:18),TS=c(1:10)))df.4 df.3=c("IL","KU"

关于python:大数据集上的广义最小二乘

Generalizedleastsquareonlargedataset我想对未独立采样的数据进行线性拟合。我遇到了广义最小二乘法:1b=(X'*V^(-1)*X)^(-1)*X'*V^(-1)*Y方程为Matlab格式;X和Y是数据点的坐标,V是"方差矩阵"。问题在于,由于它的大小(1000行和列),V矩阵变得奇异,因此不可逆。有关如何解决此问题的任何建议?也许使用解决GLS以外的广义线性回归问题的方法?我可以使用并且(稍微)熟悉的工具是Numpy/Scipy、R和Matlab。代替:1b=(X'*V^(-1)*X)^(-1)*X'*V^(-1)*Y使用1b=(X'/V*X)\\X'/V*Y

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关于node.js:按复合索引排序的集合上的分页?

Pagingoncollectionsortedbycompoundindex?我有一个复合索引,看起来像:{_id:-1,votes:-1}在我的articles集合上,这样我就可以对文档进行排序,我可以将高票数的文章放在最前面,然后按降序排列最新的文章。问题是我不确定如何按照我需要的排序顺序对该集合进行分页,因为我不确定光标修改查询的顺序。例如:Articles.find().sort('-_id-votes').skip(20).limit(30)mongodb将如何返回该查询的文档?它是根据在驱动程序上执行命令的顺序修改光标,还是对它们重新排序,以便在排序之前发生限制或除我认为它将如何

关于node.js:按复合索引排序的集合上的分页?

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程序员笑话集:bug跟蚊子的相似之处

1bug跟蚊子的相似之处:1、不知道藏在哪里。2、不知道有多少。3、总是在你即将睡觉休息的时候出现。2A:最近在看《一拳超人》,觉得咱们程序猿跟埼玉老师有点像啊!B:哪里像了?A:越秃越强!B:……3国庆前,有个非常可爱的女同事忽然问我"今天有空吗?"当时我愣了一下,心说终于有姑娘慧眼识珠了,于是笑着回答"有啊!"然后……我就跟她换班了……4PM跟PM2.5都会伤害程序猿的健康。只是一个是在公司内,一个在公司外。5一程序员去面试,面试官问:"你毕业才两年,这三年工作经验是怎么来的?!"程序员答:"加班。"6程序猿的必读书籍:第一阶段:《C语言程序与设计》《c++进阶宝典》《Swift入门与实践