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linux - Grep 文件中的多个模式并为每个模式输出前 5 个匹配项

coder 2023-06-19 原文

我有一个关于模式匹配的问题。 我有一个包含多个模式的文件，比如 pattern.txt

轨迹3039v1rpkm6.85
Locus3041v1rpkm6.84
Locus3042v1rpkm6.84

要搜索的测试文件是file.txt -

Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401309|ref|XM_003486067.1|    0   10  85  328 253 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401301|ref|XM_003486066.1|    0   10  85  566 491 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401298|ref|XM_003486065.1|    0   10  85  500 425 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723355|ref|XM_003400008.1|    0   10  106 566 470 3e-11   77.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723353|ref|XM_003400007.1|    0   10  106 496 400 3e-11   77.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|359323056|ref|XM_003639939.1|    0   27  104 322 245 9e-05   55.4
Locus3039v1rpkm6.85 gi|359323055|ref|XM_543849.4|   0   27  104 241 164 9e-05   55.4
Locus3039v1rpkm6.85 gi|354503991|ref|XM_003514015.1|    0   27  103 335 259 0.004   50.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|341599927|emb|AM412059.2|    1   63  100 1645525 1645489 6.8 39.2
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340003223|emb|HE572590.1|    1   63  100 1671652 1671616 6.8 39.2
Locus3041v1rpkm6.84 gi|337757426|emb|FQ859181.1|    1   61  114 2772617 2772667 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|159889572|gb|CP000875.1|     0   5   40  1185295 1185330 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|158107272|gb|CP000820.1|     0   2   34  5594193 5594161 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|156844486|ref|XM_001645256.1|    83  140 793 850 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|339305108|gb|CP001503.2|     0   58  94  3006529 3006565 2.1 41.0
Locus3041v1rpkm6.84 gi|247533203|gb|CP001607.1|     0   1   40  1268073 1268034 2.1 41.0
Locus3041v1rpkm6.84 gi|367050653|ref|XM_003655658.1|    0   75  103 843 871 7.3 39.2
Locus3041v1rpkm6.84 gi|347002178|gb|CP003012.1|     0   75  103 2986236 2986208 7.3 39.2
Locus3043v1rpkm6.84 gi|332015867|gb|HQ658110.1|     0   9   31  4151    4129    0.49    42.8
Locus3043v1rpkm6.84 gi|254946573|gb|CP001619.1|     1   9   43  4243052 4243019 0.49    42.8
Locus3043v1rpkm6.84 gi|329755665|gb|JF715057.1|     0   11  42  110968  110937  1.7 41.0
Locus3043v1rpkm6.84 gi|9937515|gb|AF294752.1|   0   48  79  2081    2050    1.7 41.0

我想为前 5 个匹配项匹配每个模式，然后为前 5 个匹配项移动到下一个模式，依此类推。

我试过了

 grep -i -m 5 -f pattern.txt file.txt > out.txt
 grep -i -f pattern.txt -m 5 file.txt > out.txt

但我只获得了第一个模式和结尾的前 5 名。我哪里错了？是否有执行此所需功能的参数？

最佳答案

试试这个:

for pat in $(cat pattern.txt); do grep -i -m 5 $pat file.txt; done > out.txt

这意味着

  1. 对于 pattern.txt 中的每个模式，grep 前 5 个匹配的记录。
  2. 将结果附加到out.txt

编辑

正如@dogbane 在他的评论中提到的，这是一个 UUOC .这是我改进后的答案:

for pat in $(< pattern.txt); do grep -i -m 5 $pat file.txt; done > out.txt

另请参阅 this回答。

关于linux - Grep 文件中的多个模式并为每个模式输出前 5 个匹配项，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/13971925/

linuxGrepv1rpkm1rpkmLocusbash

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