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生信入门 linux实用基础1 2 3

• Linux实用基础1
• Linux实用基础2
• Linux实用基础3 find grep awk sed xargs

生信入门 R实用基础1 2

• R实用基础1——基本设置与操作
• R实用基础2——常用数据处理命令

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• 命令帮助文档查看
  --help \info\man 按q退出

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1. 目录和文件操作

cd ls tree mkdir touch seq jot rmdir rm cp mv rename ln wget curl

• 记住要善用tab键 : 补齐目录名称、补齐操作名称

• cd目录切换

cd -         #返回上次所在目录                         
cd   或 cd ~ #返回home目录                           
cd ..        #返回上级目录
cd .         #当前目录   

• ls查看文件信息 （参数可结合使用，如ls -la）

ls -l  #按列列出文件内容（可简写为ll）
ls -a  #列出包含隐藏文件在内所有文件
ls -1  #强制为单栏输出
ls -r  #倒置顺序查看 
ls -R  #将目录下所有文件递归列出（全部列出
ls -S  #由大到小排序
ls -s   #列出文件大小
ls -t    #按时间排序
ls --help #获取帮助

• tree：显示目录结构
  Ubuntu 中需要先安装tree命令 sudo apt-get install tree

tree  ./  #以树形结构显示当前目录结构    

• 文件与目录创建、移动、重命名与删除

mkdir -p 004/005/006       #创建多层级目录
touch  a.txt               #创建文件
touch {1..10}a.txt         #创建10个文件1-10a.txt

jot /seq   10              #创建一系列数字1-10
jot -r   100  1000         #创建100-1000之间的随机数

mv  ../1.txt ./           #移动文件或目录
mv 1.txt 2.txt          #重命名文件或目录

rmdir                      #删除空目录
rmdir  -p                  #删除空目录及其上级空目录 如 rmdir -p a/b/c相当于rmdir a/b/c a/b a
rm -rf   ./tmp             #强制删除目录及内容（最常用）
rm -rf   !(*.sra)         #删除除了.sra文件外的所有文件

• rename可批量化处理修改文件名
  Ubuntu 中需要先安装sudo apt install rename

#常用参数：
-v 表示会显示修改成功的文件名；
-n 则表示不执行任何操作，主要用来测试rename过程，并不直接运行，可以查看测试效果后，然后再运行；
-f 则表示会强制修改
#将当前文件夹中所有文件名中的（）去掉
rename -v 's/\(\)//' *     

• ln软链接、cp复制文件或目录

ln -s ../data/ ./   #在当前文件夹创建上级中data文件夹的软链接

cp  *.doc  001  将doc文件复制到001目录
cp  -r  003/ v007/    将目录003复制到007目录
#cp其他常用参数：
-a      #相当于-prd，通常在复制目录时使用，它保留链接，文件属性，并复制目录下所有的内容，
-p      #除复制文件的内容外，还把修改时间和访问权限也复制到新文件中
-r       #复制目录下的所有子目录和文件
-d       #如果来源文件为链接，就复制链接属性
-l       #创建链接文件而不复制
-s       #复制为快捷方式

• 文件下载 ：wget/curl + 下载链接

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2. 文件内容查看

paste cat echo more less head tail xdg-open eog

• paste、cat文件内容展示拼接

cat   1.txt 2.txt      #将不同文件按照先后顺序接起来
cat -n  1.txt         #显示行号
cat -A   1.txt        #显示文件所有信息，包括换行符$  回车符^M(需特别注意win系统会多出回车符

paste  1.txt 2.txt     #可将不同个文件中的内容按照文件顺序从左往右排起来
paste  -d  ':'         #指定":"为文件间的分隔符
cat 1.txt | paste  - - -   #将文件内容从左往右排为3大列

• 换行符与回车符
  Windows中：回车符为 ‘\r’，回到行首；换行符为 ‘\n’，换到当前位置的下一行；
  Unix系统中：觉得每行结尾加两个字符没有必要，故结尾只有换行符，即‘\n’;
  Mac系统中：每行结尾只有回车符，即‘\r’。
  

  

• echo屏幕输出

echo  -e " hello \n hello"   #输出内容（加上-e可以输出换行符\n） 

• more可显示浏览百分比
• less可上下左右调整，功能更强大（常用）

less -N 每行添加行号    
less -e 显示结束后自动离开  
less -f  强制打开文件
less -i    忽略搜索时的大小写   
less -S  文件内容对齐

• head与tail

head -20  #显示头20行信息           tail同理
head -10 win.txt |cat -A    #表示将文件头10行全部内容展示

• xdg-open采取默认应用打开各种格式文件，如视频音乐网页等
• eog命令 查看图片文件

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3. Vim编辑文件

详见vim编辑器和less命令实用操作

vim  文件名    #（若当前路径没有该文件，则会自动新建一个文件）

• 进入vim页面后按 i 或者 insert 键进入编辑模式，开始进行编辑修改操作;
• 修改完成之后点击Esc键即可进入命令提示行模式；
• 最下面的INSERT标志消失后输入：wq进行退出保存操作(:w表示保存，:q表示退出）

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4. 文件压缩

gzip gunzip zip unzip bzip2 bunzip2 pigz unpigz

压缩文件查看可用zcat、less命令打开

gzip a.txt      #压缩
gunzip a.txt    #解压缩=gzip -d
#常用参数：
-c 或--stdout或--to-stdout 　#把解压后的文件输出到标准输出设备。
-k 或--keep 　#保留原始压缩文件。
-l  或--list 　#列出压缩文件的相关信息。
-r  或--recursive 　#递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理。

zip  a.txt.zip  a.txt        #（默认保留原文件） 需先将新文件命名为.zip结尾
unzip解压缩

bzip2  a.txt     -----------  a.txt.bz2       #压缩效率更高，但占用CPU更高
bunzip2解压缩

• 进阶版多线程压缩神器：pigz 、unpigz

-p  #多线程
-c  #表示打印到标准输出std，
-k  #表示压缩后不删除源文件
-0 to -9, -11  #设置压缩水平，值越大，压缩率越高，当然耗费的时间也就越长
-M   --time   #显示处理时间

• .rar文件处理 ----使用RAR软件或rarlinux工具

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5. 文件打包tar

tar -cvf ab.tar a b           #将文件a,b打包成ab.tar。  c表示创建，v表示可视化过程，f必须

#常用参数：
      -xvf ab.tar                  #解包ab.tar            (注意解包后原包文件还在)
      -xvf ab.tar a               #只解包ab.tar中的a文件
      -xvf ab.tar -C ss/       #-C（到指定目录） 将文件解包到ss目录下
      -tvf  ab.tar                 #查看包内容（或者直接用less命令也可更方便查看
      -rvf  ab.tar  append   #追加append文件加进ab.tar包中
      -uvf ab.tar  a              #更新追加包中已有的a文件（如果文件是压缩后的就不能追加和更新了）

• 实际运用中常常是打包压缩一块实现

tar -zcvf ab.tar.gz  a b       #打包压缩为.tar.gz结尾文件
tar -zxvf ab.tar.gz            #解压缩.tar.gz结尾文件

tar -jcvf ab.tar.bz2  a b      #打包压缩为.tar.bz2结尾文件
tar -jxvf ab.tar.bz2           #解压缩.tar.bz2结尾文件

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6. 文件查找

locate find which whereis

locate（较常用）                #查找文件，查找前最好更新本地数据库 sudo updatedb
find    ./   -name   'af*'     #在当前目录查找以af开头文件
which                          #可定位可执行文件（命令）所在目录
whereis                        #定位文件所在目录：1二进制的 2源文件 3帮助文档
                        #输出信息包括1）命令本身所在目录 2）源文件目录 3）帮助文档目录

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7. .bashrc系统设置文件

处于每个用户的默认目录~下的隐藏文件，在/etc/目录下为所有用户

1. cd
2. ls -la
3. vim .bashrc 其下可添加更改各项设置，在每次启动后可自动执行
4. source .bashrc 重新加载文件后即可应用等价于. .bashrc

# Source global definitions
date  #（开机显示日期）
echo "Welcome to use Centos" #（开机显示标语）
alias  lla='ls -la'
alias  la='ls -a'
 #（个性化命令提示行设置命令
 PS1="\[\e[37;40m\][\[\e[32;40m\]\u\[\e[37;40m\]@\h \[\e[36;40m\]\w\[\e[0m\]]\\$ "
#或
# PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '

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8. chmod管理文件权限

• 第一列10字符表示权限情况
  1. 第一个字符 l为链接文件 d为文件夹 -为普通文件
  2. 后每三个字符分别表示 文件所有者（属主）、同组用户和其他用户的权限
     rwx 可读可写可执行 r-x 可读可执行 --- 不可读写执行
• 用chmod 管理文件权限（change mode 缩写
  
  
  
  注：5 应为可读可执行

chmod 700 a      #表示让a文件只让属主可读可写可执行
chmod -R 644 temp/    #加上-R表示递归修改目录下所有文件权限
chmod -R 644 *.fna     #使用通配符一次性修改目的文件权限

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9. superuser权限

su exit sudo useradd passwd usermod groups userdel chown chgrp

普通用户切入root用户：su
退出root用户：exit
暂时性使用root权限： sudo

• /usr/sbin 该目录下是只有superuser才能用的命令
• 用户、组的相关设置

useradd gene          #添加用户名为gene
passwd  gene         #设置用户gene的密码    
groupadd  bioinfo    #创建组bioinfo
usermod -G bioinfo gene    #将用户gene加入组bioinfo中
groups  gene         #查看用户gene位于哪个组
userdel  gene        #删除用户gene
useradd -d /home/gene -g gene -G bioinfo -p "111111"   #一次设置用户登录目录，用户名，所属组，密码

• root用户可用chown、chgrp命令可将文件目录划分给其他用户使用

chown gene gene/         #将gene目录属主改为用户gene
chgrp bioinfo gene/      #将gene目录组名改为bioinfo  

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10. 软件安装 ① ② ③

① 源代码安装

例：
先网站下载压缩包 .tar.gz
解压包后进入软件文件，less INSTALL查看unix下安装方法
按说明依次运行 ./configure 、make、make install 命令完成安装

② 安装包安装

1) Debian和Ubuntu ： .deb包
sudo dpkg -i 包名字 #若-i改为-r则为卸载
2) Redhat和FC(如centos)： .rpm包
sudo rpm -i 包名字

③ apt/yum安装

Centos：

（sudo）yum  install               #安装软件，yum命令都是针对rpm格式包
  yum remove                      #卸载软件
  yum update                      #升级软件
  yum list installed              #列出已安装软件包
  yum search                      #搜索资源库相关软件
  yum list *qq*                   #列出名字包含qq的软件

Ubuntu： 最新版本将apt-get 写成apt即可

（sudo） apt -y install      #安装软件  sl（开火车）oneko（小猫）
  apt remove                 #卸载
  apt update                 #更新可用软件包列表
  apt upgrade                #更新已安装的包
  apt clean                  #清理安装包 

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• R实用基础1——基本设置与操作
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