参考:[GitHub - lh3/minimap2: A versatile pairwise aligner for genomic and sload/v2.24/minimap2-2.24_x64-linux.tar.bz2 | tar -jxvf -
./minimap2-2.24_x64-linux/minimap2
方法1
(1):index
minimap2 -d ref.mmi R64.fna
-d FILE: dump index to FILE []
生成索引文件ref.mmi
(2)alignment
nohup minimap2 -a ref.mmi ~/WGS/SY14/pacbio/fastq1/SRR6823435.fastq.gz > alignment1.sam
在minimap2命令行中用索引文件替换引用序列文件
方法2
nohup minimap2 -ax map-pb R64.fna ~/WGS/SY14/pacbio/fastq1/SRR6823435.fastq.gz > alignment2.sam
参数设置:
-a: output in the SAM format (PAF by default)
-x STR: preset (always applied before other options; see minimap2.1 for details) []
- map-pb/map-ont - PacBio CLR/Nanopore vs reference mapping
- map-hifi - PacBio HiFi reads vs reference mapping
我正在为我的文章进行一项关于人脸检测和比较的小型研究。目前,我正在使用基于OpenCV级联的基于haarlike特征的快速人脸检测(我将在稍后实现学习)。下一步是进行人脸比较。有没有众所周知的算法?如果有一些C#代码,解释它们或一些实现它们的dll,那就太好了。 最佳答案 EigenfacesTogenerateasetofeigenfaces,alargesetofdigitizedimagesofhumanfaces,takenunderthesamelightingconditions,arenormalizedtolineu
首先整理这个文章是因为我正好有机会实战了一下rocketmq,阿里巴巴的一个开源消息中间件。所以就与以往中rabbitmq进行小小的比较一下。这里主线的根据常见面试问题进行整理。1.消息队列常用的场景1.1.削峰例如我们做得考试系统中,用户通过人脸识别登录系统,考虑到考试系统的特殊性,三万名考生参加考试,需要记录人脸识别登录照片。从考试完结果上看,用户最大并发数在4000,于是我们采用rocketMq来进行异步消费用户人脸识别图片,当时统计rocketMq每秒1000消费消息。及时反馈了考生人脸识别登录成功,对数据库写操作也起到很大的缓冲功能。1.2.解耦如常用ABCD系统中,BCD系统都需要
我想了解java中的clone()方法下面发生了什么,我想知道如何比进行新调用更好publicclassPersonimplementsCloneable{privateStringfirstName;privateintid;privateStringlastName;//constructors,gettersandsetters@OverrideprotectedObjectclone()throwsCloneNotSupportedException{Personp=(Person)super.clone();returnp;}}这是我的克隆代码,我想知道下面发生了什么,以及新
我在hadoop中工作,我必须在java中对齐n个字符串,我想要一个在Java中计算一般字符串(没有生物信息学、基因组等)的算法。Es.ASFHASFHASDSAAPJEIHRA有人可以帮我起名字、图书馆之类的吗? 最佳答案 您可以编写自己的动态规划算法,但复杂度为:O(N^k)如果N是序列长度,k是序列数。假设您有k=2个序列:你有一个二维网格,其中网格中的每个点对应一对字符。所以位置(1,1)对应于word1[1]和word2[1]。此网格中的水平和垂直边对应于插入和删除,而对角线对应于匹配或不匹配。对于每一个你都必须设置一个惩
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读,见前三篇分享:序列比对软件MUMmer快速上手(一)序列比对软件MUMmer高级使用(二)序列比对软件MUMmer结果文件解读(三)本篇来介绍一下获得的 .delta如何进一步处理分析;delta-filterdelta-filter用于操作.delta文件并根据各种选择所需要的alignments;常用命令:delta-filter[options]>可选的参数有(部分展示):-g #1对1全局匹配,不允许重排;-i #最小的相似度(Settheminimumalignmentidentity),可设[0,100],默认为0;-l #最小的匹
我正在尝试使用Go来实现一个在叶子上有值的二叉树,即,相当于:dataTreea=Node{left:Tree,right:Tree}|Leaf{value:a}我有两个问题:1,我无法找到一种方法来创建具有多个构造函数的类型,因此我必须将所有数据放在一个中。2,我不能让它多态,所以我不得不使用interface{}(我猜这是类型系统的“选择退出”?)。这是我能做的最好的:packagemainimport("fmt")typeTreestruct{IsLeafboolLeft*TreeValueinterface{}Right*Tree}funcbuild(nint)*Tree{if
我正在尝试使用Go来实现一个在叶子上有值的二叉树,即,相当于:dataTreea=Node{left:Tree,right:Tree}|Leaf{value:a}我有两个问题:1,我无法找到一种方法来创建具有多个构造函数的类型,因此我必须将所有数据放在一个中。2,我不能让它多态,所以我不得不使用interface{}(我猜这是类型系统的“选择退出”?)。这是我能做的最好的:packagemainimport("fmt")typeTreestruct{IsLeafboolLeft*TreeValueinterface{}Right*Tree}funcbuild(nint)*Tree{if
对于我在node.js中的应用程序,我必须根据某个数值(即数字等级)按降序对数组元素进行排序。由于我的应用程序对性能至关重要,因此我决定构建我的数据结构以优化排序。我假设数组中每个元素包含的数据越少,排序就越快。为了验证我的假设,我在三个长度为10000的不同数组上运行了以下命令:EDIT:Guys,itseemsasthoughtherewassomethingflawedwithmyoriginaltesting.Thefirsttesttakessignificantlylongerthantheonesthatfollow.Assuch,Ihavemodifiedmytestc
对于我在node.js中的应用程序,我必须根据某个数值(即数字等级)按降序对数组元素进行排序。由于我的应用程序对性能至关重要,因此我决定构建我的数据结构以优化排序。我假设数组中每个元素包含的数据越少,排序就越快。为了验证我的假设,我在三个长度为10000的不同数组上运行了以下命令:EDIT:Guys,itseemsasthoughtherewassomethingflawedwithmyoriginaltesting.Thefirsttesttakessignificantlylongerthantheonesthatfollow.Assuch,Ihavemodifiedmytestc
文章目录🍉前情提要🌷效果演示🥝实现过程1.utils.py2.compare.html3.forms.py4.insightface_api.py5.app.py🍅记录1.Bugs1.1cv2.imshow()报错1.2insightface人脸检测标注框错乱(💢)2.杂记🌾小结🍉前情提要前面通过PaddleHub的人脸检测模型pyramidbox_lite_mobile,实现了一个在浏览器中上传人脸,进行人脸检测的小应用。这一节,我们将实现的功能是任意上传两张人脸图片,比较他们是否为同一人。🌺清风莫追🌺csdn个人主页:https://blog.csdn.net/m0_63238256🌷效果