RSEM 是典型的基于转录本定量的方法，它的比对需要下载参考转录本的fa序列，与基因组比对不同，转录本比对往往是一个基因对应多个转录本序列，因此相同基因的不同转录本之间有很大的overlap
如上图所示，当reads比对到这些isoform的overlap区，如何确定每个isoform上的reads数呢？换句话来说有的reads可以mapping到isoform 1上，而有一些可以mapping到isoform 2上，所以需要解决的问题是确定isoform 1和isoform 2上reads的相对比例
假设在已知reads可以mapping到isoform的条件下， reads mapping到 isoform 1的概率是 θ1 ；而在已知reads可以mapping到isoform的条件下， reads mapping到 isoform 2的概率是 θ2（针对于 isoform 1 和 isoform 2 的overlap区）
假设我们一共有5组观测值，每组10个值，并且我们所观测到的值只是是否mapping到isoform上，而并不清楚是mapping到 isoform 1 还是 isoform 2 上，并且mapping到 isoform 上了的用 Y 表示，没有mapping上的用 N 表示：
随机设定初始值，θ1=0.6，θ2=0.5，假设在已知reads可以mapping到isoform的条件下， reads mapping到 isoform 1的概率是 θ1 ；而在已知reads可以mapping到isoform的条件下， reads mapping到 isoform 2的概率是 θ2（针对于 isoform 1 和 isoform 2 的overlap区）
对于第一组数据，设某reads分配给 isoform 1 的概率为0.45，记为p1：
其中，指数 θ15 5次方代表有5条reads mapping到 isoform 1 上；那么某reads分配给 isoform 1 的概率为0.45（分配但不一定mapping）； (1-θ1)5 代表有5条reads 没有 mapping 到 isoform 1 上 。同理可理解 θ2
那么，该reads分配（分配但不一定mapping）给 isoform 2 的概率为0.55，记为p2
这里的"分配"作为隐含变量，在实际的意义中可以表示start position 等一些潜在变量，分配可以这样理解，reads会分配给isoform 1（或isoform 2），分配完成后会有两种可能性，一种是mapping到该isoform上，另一种是没有mapping到该isoform上
其中，指数 θ19 9次方代表有5条reads mapping到 isoform 1 上；那么某reads分配给 isoform 1 的概率为0.8（分配但不一定mapping）； (1-θ1)1 代表有1条reads 没有 mapping 到 isoform 1 上 。同理可理解 θ2
同理，依次计算第3到第5组：
由step 2计算的第一组，reads分配给isoform 1（isoform 2）的概率为p1=0.45（p2=0.55）
那么对于第一组的 isoform 1 ：
mapping：5 × 0.45 = 2.25（mapping 到 isoform 的有5条reads，其中有2.25条分配给 isoform 1）； unmapping： 5 × 0.45 = 2.25（没有mapping 到 isoform 的也有5条reads，其中有2.25条分配给 isoform 1）
对于第一组的 isoform 2 ：
mapping：5 × 0.55 = 2.75（mapping 到 isoform 的有5条reads，其中有2.75条分配给 isoform 2）； unmapping： 5 × 0.55 = 2.75（没有mapping 到 isoform 的也有5条reads，其中有2.75条分配给 isoform 2）
同理对于第二组：
那么对于第二组的 isoform 1 ：
mapping：9 × 0.8 = 7.2（mapping 到 isoform 的有9条reads，其中有7.2条分配给 isoform 1）； unmapping： 1 × 0.8 = 0.8（没有mapping 到 isoform 的也有1条reads，其中有0.8条分配给 isoform 1）
那么对于第二组的 isoform 2 ：
mapping：9 × 0.2 = 1.8（mapping 到 isoform 的有9条reads，其中有1.8条分配给 isoform 2）； unmapping： 1 × 0.2 = 0.2（没有mapping 到 isoform 的也有1条reads，其中有0.2条分配给 isoform 2）
并且依次计算第3-5组的：
e.g：
以第三组为例：
对于第三组的 isoform 1 ：
mapping：8 × 0.73 = 5.86（mapping 到 isoform 的有8条reads，其中有5.86条分配给 isoform 1）； unmapping： 2 × 0.73 = 1.47（没有mapping 到 isoform 的有2条reads，其中有1.47条分配给 isoform 1）
对于第二组的 isoform 2 ：
mapping：8 × 0.27 = 2.13（mapping 到 isoform 的有8条reads，其中有2.13条分配给 isoform 2）； unmapping： 2 × 0.27 = 0.53（没有mapping 到 isoform 的有2条reads，其中有0.53条分配给 isoform 2）
重新定义θ1 和 θ2
θ1 = 21.30 / (21.30 + 8.57) =0.713；θ2 = 11.70 / (11.70+8.43) =0.581
将重新定义的θ1 和 θ2返回step 1—step 4，直至算法收敛，即θ1 和 θ2收敛，那么θ1 和 θ2就分别代表 isoform 1 和 isoform 2 的表达量
假设在已知reads可以mapping到isoform的条件下， reads mapping到 isoform 1的概率是 θ1 ；而在已知reads可以mapping到isoform的条件下， reads mapping到 isoform 2的概率是 θ2（针对于 isoform 1 和 isoform 2 的overlap区）。换句话说，当有1条 reads mapping 到对应位置，那么有 θ1 条来自于 isoform 1，有 θ2 条来自于 isoform 2
我有一个模型:classItem项目有一个属性“商店”基于存储的值，我希望Item对象对特定方法具有不同的行为。Rails中是否有针对此的通用设计模式？如果方法中没有大的if-else语句，这是如何干净利落地完成的？ 最佳答案 通常通过Single-TableInheritance. 关于ruby-on-rails-Rails-子类化模型的设计模式是什么？，我们在StackOverflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.co
我需要从一个View访问多个模型。以前，我的links_controller仅用于提供以不同方式排序的链接资源。现在我想包括一个部分(我假设)显示按分数排序的顶级用户(@users=User.all.sort_by(&:score))我知道我可以将此代码插入每个链接操作并从View访问它，但这似乎不是“ruby方式”，我将需要在不久的将来访问更多模型。这可能会变得很脏，是否有针对这种情况的任何技术？注意事项:我认为我的应用程序正朝着单一格式和动态页面内容的方向发展，本质上是一个典型的网络应用程序。我知道before_filter但考虑到我希望应用程序进入的方向，这似乎很麻烦。最终从任何
我有一个包含模块的模型。我想在模块中覆盖模型的访问器方法。例如:classBlah这显然行不通。有什么想法可以实现吗？ 最佳答案 您的代码看起来是正确的。我们正在毫无困难地使用这个确切的模式。如果我没记错的话，Rails使用#method_missing作为属性setter，因此您的模块将优先，阻止ActiveRecord的setter。如果您正在使用ActiveSupport::Concern(参见thisblogpost)，那么您的实例方法需要进入一个特殊的模块:classBlah
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我想向我的Controller传递一个参数，它是一个简单的复选框，但我不知道如何在模型的form_for中引入它，这是我的观点:{:id=>'go_finance'}do|f|%>Transferirde:para:Entrada:"input",:placeholder=>"Quantofoiganho?"%>Saída:"output",:placeholder=>"Quantofoigasto?"%>Nota:我想做一个额外的复选框，但我该怎么做，模型中没有一个对象，而是一个要检查的对象，以便在Controller中创建一个ifelse，如果没有检查，请帮助我，非常感谢,谢谢
我有一些非常大的模型，我必须将它们迁移到最新版本的Rails。这些模型有相当多的验证(User有大约50个验证)。是否可以将所有这些验证移动到另一个文件中？说app/models/validations/user_validations.rb。如果可以，有人可以提供示例吗？ 最佳答案 您可以为此使用关注点:#app/models/validations/user_validations.rbrequire'active_support/concern'moduleUserValidationsextendActiveSupport:
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有没有办法在这个简单的get方法中添加超时选项？我正在使用法拉第3.3。Faraday.get(url)四处寻找，我只能先发起连接后应用超时选项，然后应用超时选项。或者有什么简单的方法？这就是我现在正在做的:conn=Faraday.newresponse=conn.getdo|req|req.urlurlreq.options.timeout=2#2secondsend 最佳答案 试试这个:conn=Faraday.newdo|conn|conn.options.timeout=20endresponse=conn.get(url
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ruby如何管理内存。例如:如果我们在执行过程中采用C程序，则以下是内存模型。类似于这个ruby如何处理内存。C:__________________|||stack|||------------------||||------------------|||||Heap|||||__________________|||data|__________________|text|__________________Ruby:? 最佳答案 Ruby中没有“内存”这样的东西。Class#allocate分配一个对象并返回该对象。这就是程序
