问题的描述RSEM是典型的基于转录本定量的方法，它的比对需要下载参考转录本的fa序列，与基因组比对不同，转录本比对往往是一个基因对应多个转录本序列，因此相同基因的不同转录本之间有很大的overlap如上图所示，当reads比对到这些isoform的overlap区，如何确定每个isoform上的reads数呢？换句话来说有的reads可以mapping到isoform1上，而有一些可以mapping到isoform2上，所以需要解决的问题是确定isoform1和isoform2上reads的相对比例类比双硬币模型来理解RSEM假设在已知reads可以mapping到isoform的条件下，re

该工具用于处理三代转录组（CCS）结果具体请关注：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wikihttps://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki/Cupcake:-supporting-scripts-for-Iso-Seq-after-clustering-step如何获取高质量的转录本暂且跳过。。1.安装python3.7BioPythonbx-pythonCupcake##创建一个环境condacreate-ncupcakecondoactivatecupcake##安装所需工具condainstall-c

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