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Enrichment

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☞GO和KEGG富集倍数(Fold Enrichment)如何计算 enrich factor qvalue

前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图,其实GO富集结果的展示相对于KEGG来说要复杂一点点,因为GO又进一步可以划分成三个类。BP:biologicalprocess,生物学过程。MF:molecularfunction,分子功能。CC:cellularcomponent,细胞成分。因此在画图的时候,我们需要将这三类给区分开来。下面分别用了三种不同的方式来展示GO富集分析的结果。图1:横轴为富集到每个GO条目上面的基因数目图2:横轴为GeneRatio图3:横轴为Foldenrichment(富集倍数)下面我们结合富集分析的结果表,来分别解释一下这三张图中横坐标的具体含义。首先

跟着Nature学作图:R语言ggplot2频率分布直方图和散点图添加误差线

论文Asaturatedmapofcommongeneticvariantsassociatedwithhumanheighthttps://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-ys41586-022-05275-y.pdf代码没有公开,但是作图数据基本都公开了,争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的extendedFigure4频率分布直方图和散点图添加误差线首先是图a频率分布直方图library(readxl)dat1")image.png第二个图bdatbimage.png最后是拼图library(patchwork)p1+p2imag