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GEO单细胞测序数据下载

GEO数据库下载单细胞测序原始数据如果想要分析数据库中的数据,可以从文献中获得数据的GSE号,举个例子:image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation(nih.gov)搜索GSE144024,就会得到如下信息:image.png其中,GSM号为样本编号,后面有详细信息。点击SRARUNSelector,就可以看到每个样本的SRR号。image.png选择想要下载的SRR,点击selected-accessionlist,就可得到一个编号的文本文件。但是呢想要下载,还得需要借助其他软件sratools。image.pngsrat

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GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用

ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的,谁用谁知道!像NCBI(GEO/sra)就是在用,总之两个字:真香!。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。在这里呢,我已经给大家下载好了,在下面网盘中下载就行了,设置的永久有效哦。链接:https://pan.baidu.com/s/18yRK_2mVnKM_IeXrcWpbyg提取码:eyvb1.安装ascpbash/你的ascp放的路径/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh安装完成后,应该会出现下面的提示:InstallingAsperaConnectDe

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