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Fastp

#Fastp简介fastp是一款**数据质控过滤软件**,作者是陈实富,来自深圳海普洛斯公司。该软件可以实现fastqc-Trimmomatic-fastqc一条龙,操作简单,快速。不仅适用于**illumina测序平台,还支持Pacbio和Iontorrent**的测序数据。##1Fastp功能介绍###1.1过滤fastp可以对低质量序列,较多N(emptybase)的序列进行过滤。该功能默认是启用的,可以使用-Q参数关闭。使用-q参数来指定合格的phred质量值,比如-q15表示质量值大于等于Q15的即为合格,然后使用-u参数来指定最多可以有多少百分比的质量不合格碱基。比如-q15-u4

前端也该刷点算法题——双指针解“链表”题也太香了叭!

双指针解“链表”题也太香了叭!同步双指针1查找链表中倒数第k个节点剑指Offer22.链表中倒数第k个节点思路:假设链表的长度为n,不难得出倒数第k个节点即为整数第n+1-k。如果一个指针从头节点开始走k步(头节点算作第1步),则还需n+1-k步才能走完链表(到达尾节点的next,即null)。我们用双指针,一个指针先走k步,然后两个指针同时走n+1-k步,其中一个指针走完链表,另一个指针走到第n+1-k个节点处,即倒数第k个节点代码JS/***Definitionforsingly-linkedlist.*functionListNode(val){*this.val=val;*this.n

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fastp:数据质控 + 过滤

之前都是用fastqc+trimmomatic进行数据质控和过滤,但是fastp更方便也更快,而且可以一次完成质控过滤和出图。1.Fastp软件安装可以直接用conda安装condainstallfastp2.使用参数2.1快速处理单端测序singleend(SE)fastp-iin.fq-oout.fq双端测序pairedend(PE)fastp-iin.R1.fq.gz-Iin.R2.fq.gz-oour.R1.fq.gz-Oout.R2.fq.gz参数设定:-w8设置进程数8,默认2,max=16,或者是--thread8-z5设置gzip压缩级别,默认4,1~91快-9小--json设

fastp:数据质控 + 过滤

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