前面一个帖子我们学习了画基本的PCA图形，但是是二维的，今天我们学习绘制三维的，因为在有些paper中看到作者放的是三维的，其实也挺好看的。主成分的计算方法上一个帖子讲过了，就不多讲了。计算过主成分后，自己提取一下前面3个PC就成了。这个是我们今天的测试数据。其实绘制3维图形的包也很多，我们先测试一个R里面经常用的scatter3D。先绘制基本的三维PCA图。scatter3D(x=plot.data$DC_1,y=plot.data$DC_3,z=plot.data$DC_2, xlab="DC_1", #设置x,y,z坐标轴的名称 ylab="DC_3", zlab
以前做序列比对通常都是MEGA来做，然后有时候会用genedoc来展示，但是经常碰到一个问题就是没办法得到矢量图。所以一直在想用R能不能展示多序列比对的结果，尤其是核心关键domain的区域。下面是paper中的一个结果，看着就很清晰。library("phylotools")library("ggplot2")library("tidyr")library("dplyr")dfdf#用ggplot展示的话，我们就需要拆分成单个碱基的形式，有点类似长矩阵变成短矩阵的感觉。new.df%separate(seq.text,paste0("col",str_pad(1:28,2,side="lef
论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure4dFigure4e散点图和箱线图image.png箱线图示例数据集image.png作图代码library(readxl)dat01p1p1image.png散点图作图代码dat02p2p2image.png拼图
这次写一下更新R的一点问题。更新R遇到这么几个问题，Rstudio不能客户端更新，更新要不要再官网下载新的版本，更新后原来安装的包怎么迁移。1.官网下载更新这个不多说，和第一次安装R是一样的过程，没有太大的问题。2.使用installr包进行更新这种方法比较符合习惯使用R的用户install.packages('installr')library(installr)updateR()上面代码的运行，在Rstudio中不行，需要在Rgui中运行才可，按照提示，就可以更新。注：如果以前自己的packages不是放在默认位置，默认迁移的时候是有问题的，可以采用下面的方法迁移。3.迁移原来的packa
论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论文中的Fig1a散点图image.png散点图背后的圆圈暂时搞不懂是怎么做的，ggplot2里有一个函数geom_contour()应该可以实现，但是暂时没有搞清楚怎么使用两个图我采用拼图的形式来实现
2023年9月6日（周三），龙智即将亮相D&RIP-SoCChina2023Day，呈现集成了Perforce与Atlassian产品的芯片开发解决方案，助力企业更好、更快地进行芯片开发。龙智资深顾问、技术支持部门负责人李培将带来主题演讲——支撑、共享与安全：芯片开发中的数字资产管理。龙智顾问与技术团队也将在展位与参会嘉宾面对面交流。IP-SoCChina2023Day时间：2023年9月6日地点：上海市长荣桂冠酒店（浦东新区祖冲之路1136号）龙智精彩环节：①主题演讲——支撑、共享与安全：芯片开发中的数字资产管理②展台交流互动及惊喜抽奖活动芯片开发面临的挑战系统级芯片（SoC）设计的复杂性正
论文MiDAS4:Aglobalcatalogueoffull-length16SrRNAgenesequencesandtaxonomyforstudiesofbacterialcommunitiesinwastewatertreatmentplantshttps://www.nature.com/articles/s41467-022-29438-7数据链接https://figshare.com/articles/dataset/Dueholm2021a_data_zip/16566408/1代码链接https://github.com/msdueholm/MiDAS4今天的推文我们重复
链接是https://z3tt.github.io/beyond-bar-and-box-plots/主要内容是介绍R语言ggplot2绘制柱形图和箱线图以及柱形图箱线图的替代方案的一些代码示例数据提供的是一个链接https://raw.githubusercontent.com/z3tt/DataViz-Teaching/master/data/weissgerber-data.csv链接里出的图有image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png链接里数据和代码都有，如果能够坚持每天重复其中一幅图的代码，你也可以熟
break就是截断的意思，一般主要是在画图的时候，Y轴上某些值过大，容易把其它规律给掩盖掉，所以这时候就需要一个截断操作。今天用下面一组简单的测试数据。library(ggplot2)library(ggbreak)datahead(data)data$day=factor(data$day)ggplot(data,aes(day,time,fill=week_n))+geom_bar(stat="identity",show.legend=F)+theme(axis.text.x=element_text(vjust=0.9,hjust=1,angle=45))然后，加入隔断，主要通过函数s
文章目录1.VBScript处理正则的对象:2.创建对象:CreateObject("")3.查找步骤RegExp.Pattern/Global/Execute(s)3.1```RegExp.Pattern```-->设置正则3.2```RegExp.Global```-->设置全局查找3.3```RegExp.Execute(s)```-->执行查找4.查找结果4.1Matchs4.2()分组的高级应用4.2.1高级查找匹配4.2.2高级替换4.3RegExp.Replace(s,r)1.VBScript处理正则的对象:RegExp对象:属于外部对象,对应的变量需要声明为Object对象,并
