看病就医，拍片已是常例。CT、核磁、X光等影像资料可以用非侵入式手段透过人体，使内部器官、组织状况清晰可见，为临床诊断和疾病治疗提供可靠依据。随着医学影像技术广泛发展，影像资料已占据国内医疗数据的80%以上，影像科医生供不应求、各级医院诊断结果存在差异、医疗资源分配不均等痛点也日益凸显。AI结合医学影像具有非常大的想象空间，感觉认知及深度学习技术在识别医疗影像诊断结果方面拥有人类无可比拟的优势，可辅助医生降低误诊率、提高工作效率。然而，高质量的AI算法需要足够大且有代表性的图像数据集，这些医疗图像又往往涉及大量敏感隐私信息，加上各级医院之间存在「数据孤岛」，不完整的共享系统使得医疗影像AI的可
sudoapt-getinstallzlib1gzlib1g.devlibblas3libgfortran5liblapack3libquadmath0plink1.9unzipsudoaptinstalldirmngrgnupgapt-transport-httpsca-certificatessoftware-properties-commonsudoaptinstallr-base1.获取或者生成基础数据（basedata）PolygenicRiskScore(PRS)分析第一步就是获得基础数据（即GWAS统计分析结果），应该包含了与性状相关的所有等位基因信息及对应效应贡献.CHR:Th
日常瞎掰 工欲善其事必先利其器，好用的工具对做事来说很重要，可以让你做起事来收到事半功倍的效果。前段时间分析数据时，需要给intervals做基因注释，需要操作gtf文件，最后发现一款非常好用的python包—pyranges。该包可以很轻松地将bed、gtf、gff3等格式文件读取为PyRanges对象，该对象有点类似潘大师的DataFrame，熟悉潘大师的同学应该能体会到DataFrame操作数据的快乐。同样，皮软杰斯内置操作intervals的方法也绝对能给你带来无语伦比的畅快。废话不多说，下面来感受一下使用皮软杰斯做注释基因有多方便。读取文件 read_bed方法可以用来读取bed
Howcanigetcontigfilefromthescaffoldfile(scaffoldwasgeneratedfromCLC).Isthereanyconverterorprogramme?Ex:Thisismyscaffold:ACTGTGCATNNNNNNACGCTGCAandIwantthecontigfilefromscaffoldlike:Contig1-ACTGTGCAandContig2-ACGCTGCA方法1：perl脚本方法2：trywithFASTA/QtoolkitSeqKitandshellcommands.catseqs.fa\|seqkitfx2tab\|
论文Apan-Zeagenomemapforenhancingmaizeimprovementhttps://link.springer.com/article/10.1186/s13059-022-02742-7#availability-of-data-and-materials提供了数据处理流程https://github.com/songtaogui/pan-Zea_construct/tree/v1.0.0仔细看看论文，然后试着这个流程首先是流程的安装整个流程是shell写的，依赖软件image.png大部分都可以用conda安装bbtools这个软件conda安装的时候是安装bbm
hifiasm大概是目前为止支持PacBioHiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primaryassemblyresult，还能分别组装出单倍体(haplotype)基因组的组装结果。今天的分享就从hifiasm的组装开始，其他的组装软件之后也会介绍到。可用资源文章地址：https://www.nature.com/articles/s41592-020-01056-5GitHub地址：https://github.com/chhylp123/hifiasm官方教程：https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html洲
1写在前面医院天天叫我们填问卷，我真是不能理解。🫠动不动就问我们对医院的福利满意吗，对自己的收入满意吗，觉不觉得工作负荷太重了？？？🙂我们满不满意，觉不觉得累，医院心里没点数吗！？~~~🤒不能再说了，再说我的号就要被河蟹掉了。🥸今天的教程是相对比较基础的了，分享一下我处理Expressionmatrix时经常遇到的一个小问题，就是重复基因名或者探针名的问题。🤪这个问题的处理起来也简单也复杂，你可以随机取一个，可以都去掉，可以取最大值，可以取均值，仁者见仁，智者见智吧。🧐接着是今天的正文，盘点一下我个人常用的几种处理重复基因的方法！~🥳2用到的包rm(list=ls())library(tidy
基因组差异从单核苷酸差异到复杂的结构变异。当前的方法通常能准确地注释从SNP到大插入缺失的序列差异，但无法揭示结构重排的全部复杂性，包括倒置，易位和重复，其中位置，方向或拷贝数高度相似的序列会发生变化。在这里，我们介绍了SyRI，这是一种用于染色体级程序集的成对全基因组比较工具。SyRI首先找到重排的区域，然后搜索序列中的差异，区别在于它们位于同位或重排的区域。这种区别很重要，因为重排区域与同同区域相比继承的方式有所不同。文献资料：Goel,M.,Sun,H.,Jiao,WB.etal.SyRI:findinggenomicrearrangementsandlocalsequencediffe
8月4日，华为开发者大会2023在东莞·松山湖举办，众多开发者及合作伙伴共赴盛会，见证鸿蒙生态的最新进展。在本届大会的HarmonyOS应用开发（端云能力）分论坛上，华为DriveKit生态架构技术总监官宣云空间服务升级，赋能开发者高效开发，为鸿蒙生态应用注入“云基因”。构建端云数据同步服务，为鸿蒙生态筑牢“云基因”作为全球第三大手机操作系统，HarmonyOS系统自发布起，便广受关注，每一次的升级都有着颠覆性的意义。随着越来越多的设备、应用加入鸿蒙生态，开发者对鸿蒙生态的数据存储、同步、处理能力尤为关注。云空间服务正是带着这样的使命，通过为鸿蒙生态构建统一的数据存储和同步中心，解决端云数据割
视频推荐请先在B站观看视频，毕竟看视频比看书学习快多了1.B站检索（第一天：illumina、PacBio、Nanopore测序原理）视频推荐.png2.B站检索（Nanopore平台宏基因组测序的优点）视频推荐2.png标准流程本流程复现自Naturecommunication的文章“Short-andlong-readmetagenomicsexpandindividualizedstructuralvariationsingutmicrobiomes”数据来源https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA820119脚本来源https://gi
