载入工作路径：安装limma包（这里用BiocManager安装的）： 读取表达矩阵和分组信息：表达矩阵行为基因，列为样本。 构建分组矩阵和比较矩阵：线性拟合，会得到一个DEG文件，里面有logFC、P.Value值以及adj.P.Val值：根据标准进行筛选 ：绘制火山图：
1.背景单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可视化的方式有非常多，例如featureplot,violinplot,dotplot等，但是问题在于差异基因分析后，如何快速将每个细胞簇所对应的topdeg汇总，然后再对接函数绘制成图像。Seurat的操作比较简单，因为FindMarker()后自身生成的就是一个数据框，但scanpy的sc.tl.rank_genes_groups()就没有那么用户友好了。2.Seurat的实现library(Seurat)library(
终于有第一个投稿的插件，来自多年前的师弟ChuhaoLi（估计他入学的时候可能我正好开始写TBtools，或者没写多久？）。他干了一个出乎无意料的插件，尤其是用了Python！虽然我说过，逻辑上是支持的，但没想到真能支持（虽然不是用解释器，不过师弟用的方式似乎更好，体积更小）。相关插件已经上传到「TBtools」的「PluginStore」，欢迎大伙下载使用。期待大伙一起开发实用工具，加速更多人的生信数据分析。-CJ-陈程杰前言平均核苷酸一致性（averagenucleotideidentity,ANI）是衡量基因组之间相似性的一个常用指标。windows下暂时没发现一个好用的可以计算ANI的
目录从一篇文章入手（基于多模态深度学习的泛癌症整合组织-基因组分析）PosthocExplainabilityLocal explanations. V.s. GlobalExplanations Evaluation用于千兆像素整张幻灯片图像生存预测的多模态共同注意转换器(MCAT)1.目的2.挑战解决：贡献：方法：PathomicFusion:AnIntegratedFrameworkforFusingHistopathologyandGenomicFeaturesforDiagnosisandPrognosis1.background&motivation 编辑2.研究现状（用于肿
参考教程：https://cloud.tencent.com/developer/article/1054625http://www.360doc.com/content/21/0714/12/76149697_986499282.shtmlhttp://www.bio-info-trainee.com/2163.html一、统计基本覆盖信息首先在linux里面运行：samtoolsmpileup-f/data/zds209/database/cellranger/refdata-gex-GRCh38-2020-A/fasta/genome.fa/data/zds209/ssresult/ba
论文https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?login=falseppsPCP:aplantpresence/absencevariantsscannerandpan-genomeconstructionpipelinegithub主页https://github.com/Zhuxitong/ppsPCP/tree/v1.0依赖软件mummerblastbedtoolsblatgffreadBio::Perl这几个都可以用conda直接安装，但是mummer我这边conda还是3.几的版本，所以后续使
image.png主要功能及示例：1）计算merged外显子合并同一个基因的所有spliceisoforms的外显子，并生成bed格式文件，可以用来计算具有多个isoforms的基因的非重叠外显子长度pythongtftools.py-mmerged_exons.beddemo.gtf2）计算independentintronspythongtftools.py-dindependent_introns.beddemo.gtf3）计算基因长度由于一个基因可能有多个isoforms，因此作者提供了4种基因长度计算方法：mean，median，max及mergedexons，其中mergedexo
我有几个mxn的基因表达数据矩阵，我想将它们存储在MySQL中。m大约有30,000个基因(可唯一识别)n大约是3,000个样本(大部分是唯一可识别的)我不确定存储这些数据的最佳方式是什么。我最初将矩阵直接读入MySQL表中，但后来有人告诉我这不是做事的好方法，因为列(样本)的数量是可变的。我无法转置矩阵并以这种方式存储它们，因为在创建列时，存在的基因数量超出了MySQL允许的数量。后来有人告诉我，“连接表”可能是实现此目的的更好方法。然而，在观看了几个关于这些的YouTube视频后，我还是一无所知。我也搜索过谷歌，似乎没有关于使用连接表在MySQL中存储基因表达数据的教程。那么，有人
背景介绍mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。软件安装这次没法无脑conda了，得从源码开始编译。就当忆苦思甜吧，见识一下如果没有conda加持，软件安装是一个什么样的过程。不过mecat2的安装已经是比较新手友好型的了。gitclonehttps://github.com/xiaochuanle/MECAT2.gitcdMECAT2make记得把MECAT/Linux-amd64/bin的路径加入环境变量以便全局调用哦。软件运行1.生成输入文件把多个测序文件的存储路径写入fas
文章：Accuratereconstructionofbacterialpan-andcoregenomeswithPEPPAN.GenomeRes.2020引用：5GITHUB:https://github.com/zheminzhou/PEPPANcondapip3安装condacreate-npeppancondaactivatepeppan#dependencycondaconfig--addchannelsdefaultscondaconfig--addchannelsconda-forgecondaconfig--addchannelsbiocondacondainstallpyt
