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跟着NatureMetabolism学作图:R语言ggplot2转录组差异表达火山图

论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码,但是所有作图数据都公开了,我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论文中的Fig3b差异表达火山图,之前也有推文介绍过火山图,今天的推文主要学习的一个知识点是利用latex2exp这个R包添加文本,包括上下标换行换行的基本写法ggplot()+geom_point(a

SCS【13】单细胞转录组之识别细胞对“基因集”的响应 (AUCell)

 点击关注,桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程,有需要生信分析的老师可以联系我们!首选看下转录分析教程整理如下:Topic 6. 克隆进化之 CanopyTopic 7. 克隆进化之 CardelinoTopic 8. 克隆进化之 RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅,述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组 之 cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据 GEO下载及读取SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析(Seurat4.0)SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析(scater)SCS【6】单细胞转录组之细胞类型自动注释(SingleR)SCS【7】单

苹果升级 iOS / iPadOS 17 快捷指令:可转录音频、结束锻炼等

9月20日消息,苹果公司近日更新官方支持文档,详细罗列了在iOS/ iPadOS17、macOS14.0以及watchOS10.0版本中,新增支持的快捷指令操作。苹果在新版本中引入了全新的操作选项和个人自动化,并增强了现有操作,优化了执行效果。IT之家在此附上新增内容如下:新增操作:TranscribeAudio:支持将音频文件转录成为文本。DeleteAlarms:从时钟应用中删除指定的闹钟。编辑SleepAlarm:跳过下一个睡眠提醒,或重新激活跳过的睡眠提醒OpenCamera:打开相机应用直接进入到“自拍”或者其它指定的拍照模式OpenCollection:导航到照片应用程序的特定部分

ios - iOS 应用程序上的 SFSpeechRecognizer(Siri 转录)超时错误

在我的iOS应用程序中,我尝试使用iOS10的最新功能SpeechAPI来转录预先录制的音频。多个来源,包括documentation已声明语音API(更具体地说是SFSpeechRecognizer)的音频持续时间限制为1分钟。在我的代码中,我发现任何长度超过15秒或更长的音频文件都会出现以下错误。ErrorDomain=kAFAssistantErrorDomainCode=203"SessionId=com.siri.cortex.ace.speech.session.event.SpeechSessionId@50a8e246,Message=Timeoutwaitingfor

Whisper与ChatGPT联手,轻松实现音频转录文本

目录前言一、Whisper简介二、Whisper可用的模型和语言三、开源Whisper本地转录3.1、安装pytube库3.2、下载音频MP4文件3.3、安装Whisper库四、在线WhisperAPI转录4.1、WhisperAPI接口调用4.2、使用Prompt参数优化4.3、其它参数介绍4.4、转录过程翻译功能4.5、分割音频处理大文件4.6、基于ChatGPT对内容进行总结五、总结六、资源推荐前言前一阵给大家介绍的主题更多的集中在AI编程和LLMs的一些应用实战方面,ChatGPT我们都知道最强大的还是它底层应用的文本语言模型GPT系列,原来我们对于机器学习、深度学习领域想要实现一些相

空间转录组---seurat

空间转录组是2022生命科学十大创新产品名单,因此将来会在生物学领域有非常大的应用空间,目前植物类的相关文章较少,我也是在慢慢的学习中。我们测试数据选取兰花的空转数据:Spatiotemporalatlasoforganogenesisindevelopmentoforchidflowers(这篇文章我前面也分享过),与单细胞的数据结构基本一致,多了spatial这个文件夹,主要包含的就是切片信息和spot定位信息。测试数据可以根据作者paper提供的下载链接获取:https://osf.io/mqsb4/?view_only=787b3d5a81e54c27b3f33d5841b59a51今

前沿综述 | 空间转录组学入门指南

目前关于空间转录组学的许多文献是技术性的,并不面向不熟悉该领域的研究人员。近日,《GenomeMedicine》发表了一篇综述文章为空间转录组学提供了一个入门指南:涵盖了生物医学研究所需的可用技术、实验设计考虑和生物信息学分析。空间转录组技术已经存在了近十年。目前商业化的技术,如10XGenomics公司发布的Visium,以及Nanostring公司的GeoMx和CosMx,已经使空间转录组学更容易获得。其他组学技术,如"空间蛋白质组学"(目前用于描述通过基于抗体的方法对几十种蛋白质进行定向评估的术语)、染色质可及性的空间检测和空间基因组学也有新发现。同时,空间转录组已广泛应用于生物医学领域

跟着Genes|Genomes|Genetics学数据分析:R语言edgeR包做转录组差异表达分析

论文Sex-SpecificCo-expressionNetworksandSex-BiasedGeneExpressionintheSalmonidBrookCharrSalvelinusfontinalis数据代码公开https://github.com/bensutherland/sfon_wgcna还有wgcna的代码,论文里对方法和结果部分介绍的还挺详细,可以对照着论文然后学习WGCNA的代码今天的推文先学习差异表达分析的代码论文中提供的原始count文件有100多个样本,数据量有点大。这里我只选择其中的20个样本。读取表达量文件library(readr)my.counts对数据进

使用 ChatGPT 从视频脚本创建知识图谱,使用 GPT-4 作为领域专家来帮助您从视频转录中提取知识(教程含完整源码)

我一直很喜欢深海纪录片,因为这里的生态系统和动物与陆地上的大不相同。因此,我决定在水下纪录片上测试GPT-4的信息提取能力。此外,我不知道有任何开源NLP模型经过训练可以检测海洋植物和生物之间的关系。因此,一部深海纪录片是使用GPT-4构建知识图谱的绝佳示例。数据集最容易找到纪录片的地方是YouTube。虽然GPT-4是多模式的(支持视频、音频和文本),但当前版本的端点仅支持文本输入。因此,我们将分析视频的音频转录本,而不是视频本身。我们将分析以下纪录片的文字记录。首先,我喜欢纪录片的主题:“壮观的珊瑚礁海底世界”。其次,从YouTube视频中提取字幕并不费力,因为我们根本不需要使用任何aud

【Python】本地版 Whisper 自动转录器(附源码网址)

目  录一、实时自动语音转录器简介       二、开源Whisper实时转录器        三、pyinstaller打包发布exe应用程序四、修改版源代码                一、实时自动语音转录器简介实时自动语音转录器是一种能够自动将语音信号转换为文字的应用程序。它通常具有以下几个主要功能:1.语音检测与采集实时监测麦克风或其他输入信号,检测并录制用户的语音输入。要求具有较低延迟,以进行实时转录。2.语音识别与转录使用语音识别技术对录制的语音信号进行识别与转录,将语音转换为文本。需要选择合适的语音识别模型,如神经网络模型等。3.自动修正分析语音识别的结果,自动检测并修正一些常